 Рис.1 α-спираль. Серым цветом отмечен углерод, красным кислород, синим азот. Водородные связи изображены зеленым. |
На Рис.1 предсталена α-спираль. Серым цветом изображены атомы углерода, синим азота, а красным кислорода. Зеленым цветом показаны водородные связи. Они образуются между атомами кислорода (акцептор) и атомами азота (донор) на расстоянии не более, чем 3.5 ангстрем. Остаток с номером N образует водородные связи с остатками N-4 и N+4 (например кислород Val, 136 образует водородные связи с азотом Gln, 140). Водородные связи поддерживают спираль, формируя жесткую и прочную структуру. В состав спирали входят 23 аминокислоты со 123 Thr по 145 His. На Рис.1 показана ее длина, которая равна 33,56 ангстрем (между СА атомами первой и последней аминокислоты) и состоит из 6,5 витков. Шаг спирали равен 33,56/6,5 = 5,163, а на один виток спирали приходиться 23/6,5 = 3,54 аминокислоты. | |
 Рис.1 β-спираль. Серым цветом отмечен углерод, красным кислород, синим азот. Водородные связи изображены зеленым. |
На Рис.2 изображен β-лист из 4 β-тяжей, состоящих из аминокислотных остатков под номерами 177-178, 291-295, 343-347, 358-363. Стрелочки указывают на направление пептидной цепи от N-конца к C-концу. Соседние тяжи антипараллельны. Зеленым цветом изображены водородные связи. Как и в α-спирали, они образуются между кислородом и азотом, причем нкоторые атомы кислорода способны образовывать сразу несколько водородных связей. | |
| Солевые мостики | ||
 Рис.3 Положительные заряженные аминокислоты Lys, His, Arg и отрисательно заряженные Asp и Glu на расстоянии не более 3.5 ангстрем. |
 Рис.4 Солевой мостик между Lys,180 и Asp,258 |
|
| На Рис.3 изображен общий план расположения положительно заряженных и отрицательно заряженных аминокислот на расстоянии не более 3.5 ангстрем. Между ними образуется солевой мостик. На Рис.4 изображено детальное изображение одного из таких мостиков. Связь, изображенная пунктиром, образуется между азотом Lys,180 и кислородом Asp, 258. | ||
| Водородные связи, не являющиеся солевым мостиком | ||
 Рис.5 Водородная связь, не являющаяся солевым мостиком, между Asn,320 и Cys,305 |
На Рис.5 изображена водородная связь, не являющаяся соленым мостиком, между азотом Asn,320 и серой Cys,305. Водородная связь показана пунктиром. | |
| Дисульфидный мостик | ||
 Рис.6 Общий план расположения аминокислот цистеина. |
На Рис.6 выделены всевозможные остатки аминокислоты цистеина. Расстояние между любой парой слишком большое (более 3.5 ангстрем) для образования дисульфидных мостиков, поэтому в анализируемом белке их нет. Для выполнения данного задания я взяла другой белок - инсулин (индентификатор PDB 1ZNI). Общий план расположения цистеинов с солевыми мостиками между ними представлен на Рис.7. На Рис.8 крупным планом изображен один из таких дисульфидных мостиков между 11 и 6 остатками. | |
 Рис.7 Общий план расположения аминокислот цистеина в инсулине. |
 Рис.8 Дисульфидный мостик между Cys,11 и Cys,6. |
|
| Гидрофобная группа атомов белка | ||
 Рис.9 Гидрофобная группа атомов белка. Желтым изображены гидрофобные группы атомов. |
На Рис.9 желтым изображена гидрофобная группа атомов. ВЕсь белок выполнен в проволочной модели и показан белым. | |
Вернуться к 2 семестру