Совмещение полипептидных цепей

Учебный сайт Софроновой Алины

Мой белок сукцинилглутамат десукцинилаза\аспартоацилаза (succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase) из генома бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400 (Индентификатор PDB 3LWU). Белок состоит только из одной цепи - цепи А. С помощью сервиса PDBeFold просмотрела белки с минимально допустимым сходством в 70%. Было рассмотрено 95775 PDB-файлов (247218 цепей). Было найдено 11 находок, из которых в соответсивии с критериями (%seq < 95%, N_align 70-90%, RMSD в пределах 0.7 - 2.0 ангстрем, N_g > 0) я выбрала один. Ниже (Таблица 1) приведена его более подробная характеристика.

Таблица 1. Характеристика выбранной находки

Номер совпадения	5
RMSD	0.62
N_align	365
N_g	1
%seq	71
Query %sse	100
Match	3fmc:A
Match %sse	100
Title	CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE SUCCINYLGLUTAMATE DESUCCINYLASE / ASPARTOACYLASE FAMILY PROTEIN (SAMA_0604) FROM SHEWANELLA AMAZONENSIS SB2B AT 1.80 A RESOLUTION

Белки, выделены из организмов одного рода (SHEWANELLA), но разных видов (SHEWANELLA AMAZONENSIS SB2B и SHEWANELLA FRIGIDIMARINA NCIMB 400). Белки содержат один и тот же лиганд (сукцинил-глутамат). Из этого можно сделать вывод, что белки выполняют схожие функции.
На Рис.1 изображен общий вид совмещения двух белков.Красным цветом изображен мой белок, желтым находка.

Рис.1 Совмещение белков (индентификаторы 3LWU.pdb и 3FMC.pdb). Красным цветом изображен мой белок, желтым находка.

На Рис.2 в тонкой проволочной модели изображены белки. Красный цвет - мой белок, синий - находка. Желтым изображены СА атомы, удаленный от СА атомов другой цепи на расстоянии неболее 2 ангстрем. Количество таких СА атомов 740. Черным цветом изображены участки расхождения полипептидных цепей. Таких участков совсем немного, в целом структура белков совпадает.

Рис.2 Совмещение белков (индентификаторы 3LWU.pdb и 3FMC.pdb). Красным цветом изображен мой белок, синим находка. Желтым СА атомы, удаленные от СА атомов другой цепи на расстояние неболее 2 ангстрем. Черным изображены гепы.

На Рис.3 крупное изображение участка с гепом. Расхождение в цепях показано черным цветом, СА атомы на расстоянии неболее 2 ангстрем желтым. Полипептидные цепи моего белка и находки красным и синим соответственно.

Рис.3 Участок гепа. Расхождение в цепях показано черным цветом, СА атомы на расстоянии неболее 2 ангстрем желтым. Полипептидные цепи моего белка и находки красным и синим соответственно.

Вернуться к 2 семестру