Филогенетическое дерево — графическое изображение хода исторического развития групп организмов. Используя уже имеющееся дерево для бактерий отдела Firmicutes, я постороила древодля только для 7 видов. Их список приведен в Таблице 1.
Таблица 1. Информация о выбранных видах бактерий.
Скобочна форма дерева: ((LACDA, ENTFA), ((((BACAN,BASCU), GEOKA), LISMO), STAES))
Название
Мнемоника
Bacillus anthracis
BACAN
Bacillus subtilis
BACSU
Enterococcus faecalis
ENTFA
Geobacillus kaustophilus
GEOKA
Lactobacillus delbrueckii
LACDA
Listeria monocytogenes
LISMO
Staphylococcus epidermidis
STAES
Изображение самого дерева представлено на Рис.1. Изображение получено с помощью программы для построения деревьев MEGA.
Рис.1. Филогенетическое дерево для видов представленных в Таблице 1.
Дерево содержит 4 нетривиальные ветви. Список нетривиальных ветвей для этого дерева:
Попробуем сопоставить полученное дерево с таксономической классификацией, представленной ниже: Получается, что первая нетривиальная ветка - {LACDA,ENTFA} vs {BACAN,BACSU,GEOKA,LISMO,STAES} - делит класс Bacilli на два порядка Lactobacillales и Bacillales.
Следующая ветвь - {BACAN,BACSU} vs {LACDA,ENTFA,GEOKA,LISMO,STAES} - отделяет род Bacillus от всего остального. Ветвь {BACAN,BACSU,GEOKA} vs {LACDA,ENTFA,LISMO,STAES} отделяет семейство Bacillaceae, зато последняя нетривиальная ветвь -
{BACAN,BACSU,GEOKA,LISMO} vs {LACDA,ENTFA,STAES} никакому таксону не соответствует.
{LACDA,ENTFA} vs {BACAN,BACSU,GEOKA,LISMO,STAES}
{BACAN,BACSU} vs {LACDA,ENTFA,GEOKA,LISMO,STAES}
{BACAN,BACSU,GEOKA} vs {LACDA,ENTFA,LISMO,STAES}
{BACAN,BACSU,GEOKA,LISMO} vs {LACDA,ENTFA,STAES}
класс Bacilli
порядок Lactobacillales
семейство Lactobacillaceae
Lactobacillus delbrueckii
семейство Enterococcaceae
Enterococcus faecalis
порядок Bacillales
семейство Listeriaceae
Listeria monocytogenes
семейство Bacillaceae
род Geobacillus
Geobacillus kaustophilus
род Bacillus
Bacillus subtilis
Bacillus anthracis
семейство Staphylococcaceae
Staphylococcus epidermidis
Вернуться к 4 семестру