Последовательность Шайна-Дальгарно находится на сайтах посадки рибосом мРНК прокариот и располагается за несколько нуклеотидов до стартового кодона. Поиск последовательностей Шайна-Дальгарно производился в геноме бактерии Shewanella frigidimarina штамм NCIMB 400. Для этого был скачан файл с геномом этой бактерии и хромосомная таблица. По таблице были определены координаты участков, которые могут содержать последовательности Шайна-Дальгарно ([-35;0] для каждого гена). Всего было найдено 4198 подобных участка. Для них был составлен файл c координатами, для последующего использование программой seqret из пакета EMBOSS. Команда:

seqret @SD.txt SD.fasta

        Выходной файл - SD.fasta.
     Для поиска мотива использовалась программа MEME, мотив был найден для первых 500 последовательностей. Построенный лого можно посмотреть на Рис.1. Вывод в формате .html можно посмотреть здесь для MEME.

Рис.1. Лого мотива, найденное при помощи программы MEME.

        Далее файл из выдачи MEME вместе с файлом, содержащим все 4198 анализируемые последовательности, был подан на вход программе MAST. HTML-выдача MAST - здесь. Не было найдено ни одной последовательности, содержащей совпадения с найденным мотивом.

Вернуться к 4 семестру