Построение и визуализация электронной плотности (ЭП)

Учебный сайт Софроновой Алины

Для работы был выбран белок сукцинилглутамат десукцинилаза/аспартоацилаза, с которым работали в предыдущих семестрах. Идентификатор белка в базе данных Protein Data Bank (PDB): 3LWU. Разрешение структуры составляет 2,1Å. Для данного белка нашлись требуемые структурные гомологи с RMSD от 0.8 до 3 Å и Nalign от 50% до 90% длины цепи белка.

1. Постройте изображение ЭП вокруг полипептидной цепи

Было построено изображение электронной плотности полипептидной цепи выбранного белка с уровнем подрезки 2σ (Рис.1). Видим, что C-конец белка не вписан в электронную плотность.

Рис.1. Электронная плотность полипептидной цепи белка (PDB ID 3lwu). Уровень подрезки 2σ.
2. Постройте изображение ЭП вокруг трех аминокислотных остатков

Было построено изображение электронной плотности трех аминокислотных остатков: триптофана (Рис.2), пролина (Рис.3) и аргинина (Рис.4). Для каждой аминокислоты было выбрано 2 уровня подрезки электронной плотности - 2σ и 3σ.

Рис.2. Электронная плотность триптофана-101 с уровнем подрезки 2σ (слева) и 3σ (справа).

Рис.3. Электронная плотность пролина-344 с уровнем подрезки 2σ (слева) и 3σ (справа).

Рис.4. Электронная плотность аргинина-231 с уровнем подрезки 2σ (слева) и 3σ (справа).

В целом, все три аминокислотных остатка хорошо вписаны в экспериментальную электронную плотность. Особенно ярко это видно на примере триптофана (Рис.2), т.к. на обоих уровнях подрезки центры атомов соответствуют концентрированию электронной плотности. Хуже всех в электронную плотность вписан аргинин (Рис.4). На высоком уровне подрезки мы наблюдаем только электронную плотность атома Cz.

Вернуться к 7 семестру