Для комплекса инсулина и гликопротеина HLA-DQ8 (молекула главного комплекса совместимости II класса (MHC II)) (PDB ID 1jk8) были найдены границы доменов согласно SCOPe2, ECOD, CATH, Pfam.

        Результат представлен ниже в виде таблицы:

Таблица 1. Границы доменов белка 1jk8 согласно SCOPe2, ECOD, CATH и Pfam. Символ "+" означает, что БД распозванала инсулин, "-" - не разпознала.

Цепь	Название домена	границы SCOPe2	границы Pfam	границы ECOD	границы CATH
А	MHC II alpha	2-84	29-108	2-81	3-81
	C1-set	85-181	112-195	85-180	82-181
	C1-set C	-	201-253	-	-
B	MHC II beta	3-94	45-118	3-94	3-92
	C1-set	95-192	129-212	93-192	93-192
С	insulin	+	28-109	+	-

        Согласно Таблице 1 классификаторы SCOPe2, ECOD и CATH определи границы доменов одинакого (не считая аминоксилот на границах доменов). Домены изображены на Рис.1. Но если SCOPe2 и ECOD нашли в структуре пептид инсулина, то CATH его не определил.

Рис.1. Изображение доменов структуры 1jk8. Оттенки синего показывают 2 домена цепи А, красного - цепь В, а зеленым изображен пептид инсулина.

        Pfam разделил на те же домены, но границы существенно отличаются (домен C1-set и C1-set C можно объединить, так как C1-set C является С-концевым доменом домена C1-set). Причем в структуре 1jk8 цепь А имеет 181 аминокислоту, цепь B - 192, тогда как Pfam нашел домены с координатами значительно превышающими указанные числа.

Вернуться к 7 семестру