Для работы был выбран белок хеликаза, который представляет из себя гексомер (PDB ID 5a9k). С помощью программы Clud были найдены гидрофобные кластеры в структуре этого белка. Наиболее интерпретируемый результат был получен при пороге на расстояние 5Å.

        Белок представляет и себя гексомер с идентичными субъединицами. Самый большой гидрофобный кластер представляет из себя кольцо, составленное из альфа-спиралей каждой субъединицы, которые пространственно отделены от оставшейся части субъединицы (Рис.1).

Рис.1. Гидрофобный кластер в виде кольца показан в виде синих сфер

        Оставшаяся часть субъединицы выглядит как показано на Рис.2. Видно, что пространственно (бета-листом) она разделена на 2 части.

Рис.2. Оставшаяся часть субъединицы

        Еще один большой кластер соответствует полностью одной субъединице и небольшой части каждой из оставшихся 5 субъединиц (та, что слева от бета-листа)(Рис.3).

Рис.3. Гидрофобный кластер, представленный в виде синих сфер

        Еще 5 кластеров соответствуют оставшимся частям (те, что справа от бета-листа) 5 субъединиц (Рис.4). На Рис.5 разделение субъединицы на 2 части, соответствующие различным гидрофобным кластерам (синие сферы - область принадлежит большому гидрофобному кластеру, красные сферы - маленьким гидрофобным кластерам).

Рис.4. 5 маленьких гидрофобных кластеров, представленный в виде синих сфер
Рис.5. Разделение субъединицы (справа) на 2 гидрофобных кластера (слева): синие сферы принадлежат большому кластеру, красные - маленькому.

        Были найдены гидрофобные кластеры на интерфейсе двух субъединиц (Рис.6).

Рис.6. Гидрофобные кластеры на интерфейсе двух субъединиц

        Не удивительно, что первый описанный мной кластер (в виде кольца) состоит из кусков всех 6 субъединиц, так как между этими кусками плотный гидрофобный контакт.

Вернуться к 7 семестру