Программа PDBParser
Одним из результатов выполнения курсовой работы на 2 курсе является программа PDBParser.
Это многофункциональная программа позволяет выполнять большое количество разных матипуляций с файлами в формате PDB. Также имеется возможность обработки файлов для подготовки рецепторов и лигандов к докингу и анализа полученных результатов. Среди них:
- Исправление некоторых ошибок записи файлов в формате PDB
- Сортировка атомов
- Сортировка резидью
- Сортировка атомов внутри каждого резидью по шаблону
- Разделение структур на мономеры (цепи)
- Выделение лигандов
- Удаление лигандов
- Добавление лигандов в структуру белков
- Автоматическое определение нужного для выделения лиганда по списку растворителей и детергентов
- Построение ROC кривых
- Вычисление AUC значений
- Анализ и компоновка результатов докинга, проведенного с помощью программы Autodock4.2 и Autodock Vina
- Создание файлов со структурами лигандов на основе результатов докинга
- Восстановление формата PDB после обработки программой MOPAC
- Восстановление формата PDB после работы в программе NAMD
- Исправление формата PDB после обработки программой Open Babel
- Поворот всех атомов на определенный угол
Программа доступна для Unix и Windows систем. Запуск производится из командной строки. Графического интерфйса нет.
Текущая версия: 1.3.1