Список и описание выученных программ можно найти в таблице 1. Общий вид команд обычно выглядит так:

Команда, пробел, [параметр, пробел, [значение, пробел,]] [файл, пробел].

Части команды, описанной выше, взятые в квадратные скобки, могут повторяться много раз (при указании нескольких параметров или файлов), а могут отсутствовать вовсе.

Например: wc -l protein.pdb
После нажатия Enter будет запущена команда Wc с параметром -l и переданным адресом файла protein.pdb. Обычно, перед параметрами ставится минус (-), а после них ставится значение параметра. Большинство изученных параметров не принимают значений, отличных от истины или лжи. Поэтому указание параметра воспринимается, как истинное для него, а неуказание, как ложное. Адрес файла тоже является значением параметра запуска программы, но, обычно, перед ним не ставится значек минус и название параметра.

Как пример команды, принимающей значение параметра, можно назвать команду tail (ее описание можно найти в таблице 1).

Например: tail -n 7 protein.pdb
По умолчанию команда tail выдает на экран 10 последних строк переданного файла. Но при задании параметра 'n' команда будет выдавать столько строк, сколько будет написано после параметра. В данном случае 7. Неуказание значения параметра 'n' приведет к тому, что программа не будет работать.

У большинства команд есть пааметр -h (--help). При указании этого параметра программы выдают подсказку об их использовании. В ней есть примеры использования команд и описание некоторых параметров. Чтобы получить больше информации, можно воспользоваться командой man, которая принимает название другой команды и выдает полную справку по ее использованию (управление такое же, как в команде more (см. таблицу 1)).

Таблица 1
Изученные программы с описанием
echo 'Hello, world!'	Команда Echo. Выводит текст, написанный после нее (до первого пробела) на экран. Если текст содержит пробелы, его следует взять в кавычки. Если на вход не подано текста, выведется пустая строка.
cd mydir	Команда Cd. Посзволяет перемещаться по дереву каталогов (перейти в любую папку). Поддерживает как абсолютную, так и относительную адресацию.
pwd	Команда Pwd. Показывает полный абсолютный путь к текущей директории.
who	Команда Who. Показывает всех пользователей, находящихся в сети в данный момент. Команда 'who am i' покажет текущего пользователя.
ls	Команда Ls. Показывает список файлов и папок, находящихся в текущей директории. 'ls -la' покажет больше информации, включающей в себя права на запись/удаление/изменение, которыми обладает текущий пользователь, в отношении каждого файла или папки. 'ls -R' рекурсивно покажет содержимое всех подкатологов текущего. Команда также поддерживает относительную и абсолютную адресацию, что позволяет не перемещаясь в нужную директорию посмотреть ее содержимое 'ls ~user/mydir'.
mkdir mydir	Команда Mkdir. Позволяет создать папку с именем mydir в текущей директории (или по указанному пути).
rmdir mydir	Команда Rmdir. Позволяет удалить пустую директорию. Аналогична mkdir.
rm myfile	Команда Rm. Позволяет удалить файл. Будьте осторожны! Файл удалится безо всяких предупреждений и восстановить его будет очень сложно. 'rm *' удаляет все файлы текущей директории.
more myfile	Команда More. Используется для просмотра содержимого файлов постранично. После запуска программы все клавиши начинают работать, как управляющие. Пробел перемещает на 1 экран вниз, энтер на 1 строку вниз, b - на 1 экран вверх, q - выходит из программы.
less myfile	Команда Less. Упрощенный аналог more. Имеет меньше функций.
head myfile	Команда Head. Выводит на экран первые 10 строк файла myfile. Имеет параметр 'n', позволяющий задать количество выводимых строк. Команда 'head -n 179 2bkx.pdb' выведет 179 первых строк файла 2bkx.pdb.
tail myfile	Команда Tail. Аналогична head, но выводит строки не с начала, а с конца (сохраняя порядок следования строк в файле). Тоже имеет параметр 'n'.
cat myfile1 myfile2	Команда Cat. Используется для конкатенирования нескольких файлов. По умолчанию выводит результат на экан. Если указан только 1 файл, то только он и выведется. Это используется для вывода на экран целиком небольших файлов. Команда 'cat myfile1 myfile2 > newfile' поместит результат присоединения файла myfile2 к myfile1 в файл newfile.
wc myfile1	Команда Wc. Используется для подсчета букв, слов, строк в файлах и введенных с клавиатуры данных. Команда 'wc -l myfile' подсчитает количество строк в файле myfile.
grep 'search' myfile	Команда Grep. Используется для поиска строк, содержащих строку поиска (текст в одиночных кавычках после команды), в файлах. Параметр -v указывает на то, что будут искаться строки, наоборот, не содержащие строки поиска.
man bash	Команда Man. Выдает на экран справку по работе с командой, название которой указано после команды. Обычно в этом описании есть вся информация о том, как запускать программу, какие параметры у нее есть и какие они могут принимать значения. Но описание сложных команд может быть очень большим и сложным (например, описание команды bash (да, это такая же команда, как и все) занимет 5465 строк для версии 4.2).
history	Команда History. Выводит на экран 20 последних использованных команд. Есть параметр 'n' - позволяет задать количество выводимых команд.