Геномные браузеры

UCSC

Мною был выбран белок пепсин

Короткое и полное имя гена: PGA3 (Homo sapiens pepsinogen 3, group I (pepsinogen A))

На какой цепи он закодирован: Strand: +

В какой хромосоме находится: 11

К каким плечу и полосе принадлежит участок: chr11 (q12.2)

Координаты гена в последовательности хромосомы: 61,203,565-61,212,702

Альтернативных продуктов закодировано в гене: 3

Для каждого продукта число экзонов и длина аминокислотной последовательности: 1) 9, 388 aa; 2) 4, 234 aa; 3) 3, 128 aa

окрестность гена из Genome Browser

Ensembl

Выравнивание гена человека с гомологичным геном шимпанзе

Определение числа различий

Ген имеет 2,44% различий; Длина последовательности = 7858; Кол-во различий=7858*0,0244 = 191

Выравнивание в JalView

Данное выравнивание показывает практически полную идентичность данного гена у человека и шимпанзе, за исключением участка 891-904, который у человека отсутствует.

Количество SNP - 2919