Bedtools
Основное задание
| /P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools bamtobed -i pr12/sorted.bam > pr13/reads.bed | Перевод .bam-файла в .bed-файл |
| /P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools intersect -a pr13/gencode.genes.bed -b pr13/reads.bed -с > pr13/GenIntRead
| Пересечение ридов с генной разметкой |
| Ген | Координаты | Направление | Кол-во экзонов | Функция | Покрытие |
| MTO1 | 74178603-74210424 | + | 418 | protein_coding | 0-2 |
| EEF1A1 | | + | 1113620 | protein_coding | 0-26422 |
| AL603910.1 | 74186781-74186865 | + | 6 | miRNA | 2 |
| Metazoa_SRP | 74197315-74197600 | + | 6 | misc_RNA | 0-2 |
Дополнительные задания
1)Получите из файла в выравниванием файл с чтениями в формате fastq
/P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools bamtofastq -i align.bam -fq fq.fq
2)Получите файл с нуклеотидной последовательностью (.fasta) для одного из покрытых Вашими чтениями генов
/P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools getfasta -bed MTO1.bed -fi ../chr6.fasta > 2.fasta
3)Разбейте свою хромосому на фрагменты по 1 млн нуклеотидов
/P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools makewindows -g hg19.txt -w 1000000 > makewindows; Длина = 171.115.067; Окон = 172
4)Объедините Ваши чтения в кластеры
/P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools cluster -i reads.bed > clusters.bed