| Участок структуры | Позиции в структуре (find_pair) | Результаты предсказания (einverted) | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 5'-601-607-3' 5'-666-672-3' всего 7 пар | предсказано 0 пар | предсказано 7 из 7 пар |
| D-стебель | 5'-610-613-3' 5'-622-625-3' всего 4 пары | предсказано 0 пар | предсказано 4 из 4 пар |
| T-стебель | 5'-649-653-3' 5'-661-665-3' всего 5 пар | предсказано 0 пар | предсказано 5 из 5 пар |
| Антикодоновый стебель | 5'-638-644-3' 5'-626-632-3' всего 7 пар | предсказано 5 пар | предсказано 7 из 7 пар |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 | 5 | 23 |
Контакты разного типа в комплексе 1lq1.pdb
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 13 | 14 |
| остатками фосфорной кислоты | 15 | 6 | 21 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 15 | 15 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Неполярные контакты: define prot_nopolar (*:d.c?? or *:d.s? or *:d.p??) - выделение неполярных атомов белка Атомов серы на ДНК нет. Сахар: define nuc_nopolar (*:e.c?' or *:f.c?') - выделение неполярных атомов сахара select (nuc_nopolar and within(4.5, prot_nopolar)) 13 атомов выбрано Фосфат: define p_nopolar (*:e.p?? or *:f.p??) - выделение атомов фосфора на ДНК select (p_nopolar and within(4.5, prot_nopolar)) 6 атомов выбрано Большая бороздка: define bb_nopolar (*:e.c? or *:f.c?) select (bb_nopolar and within(4.5, prot_nopolar)) 15 атомов выбрано Полярные контакты: define prot_polar (*:d.o?? or *:d.n?) - выделение полярных атомов белка Большая бороздка: define bb_polar (*:e.n? or *:e.o? or *:f.n? or *:f.o?) select (bb_polar and within(3.5, prot_polar)) 0 атомов выбрано
Резюме: основа контакта данной цепи белка с ДНК в том, что в большой бороздке ДНК находится альфа-спираль белка. Это может определять функциональное значение комплекса молекул
На данных картинках изображены схемы контактов ДНК с цепью белка D
