Поиск по сходству (нуклеотидный blast)

Определение таксономии и функции прочтённой нуклеотидной последовательности (из практикума 6)

I) Данная последовательность является фрагментом митохондриальной ДНК, которая кодирует белок cytochrome oxidase subunit 1

Лучшие находки BLAST

II)Анализ нескольких лучших находок показал, что они принадлежат организмам семейства Loxosomatidae. До рода и вида определить не удаётся

III)Среди лучших находок были найдены как гены белка cytochrome oxidase subunit 1, так и полные митохондриальные геномы, но и они также кодируют данный белок. Но вероятнее всего вид Loxosomella

Сравнение списков находок нуклеотидных последовательностей тремя разными вариантами blast

Область поиска ограничена царством Sordariomycetes

Поиск	Word size	Match/Mismatch Scores	Gap Costs	Число находок 1(pr6)	Число находок 2(pr7)
Megablast	28	1,-2	Linear	2	3
Blastn	11	2,-3	Existence: 5 Extension: 2	334	>=1000
Blastn чувствительный	7	1,-1	Existence: 2 Extension: 1	422	>=1000

Проверка наличия гомологов белков в неаннотированном геноме

Белок	E-value	Последовательность с min E-value	Гомолог?
HSP71_YEAST	0.0	scaffold-199	да
TERT_SCHPO	1e-23	scaffold-17	да
PRPC_EMENI	6e-121	scaffold-693	да

Поиск гена белка в одном из контигов

Мною был выбран scaffold-51 из генома Amoeboaphelidium protococcarum и обработан megablast со стандартными параметрами. В результате наиболее схожим оказался ген ribosomal 40S subunit protein S2

Примерные границы: 1..777, protein ac: XP_011388201.1

Карта локального сходства геномов двух бактерий

Карта локального сходства геномов Brucella suis и Brucella canis

Данная карта показывает большое сходство между данными организмами. Единственное крупное различие - это наличие вставки(или делеции) у одного из организмов