Название | Мнемоника |
Escherichia coli |
ECOLI |
Haemophilus influenzae |
HAEIN |
Pasteurella multocida |
PASMU |
Proteus mirabilis |
PROMH |
Serratia proteamaculans |
SERP5 |
Shewanella denitrificans |
SHEDO |
Yersinia pestis |
YERPE |
(((((SERP5,YERPE),ECOLI),PROMH),(HAEIN,PASMU)),SHEDO);
Нетривиальные ветви:
(SERP5,YEPRE) VS (ECOLI,PROMTH,HAEIN,PASMU,SHEDO)
(SERP5,YEPRE,ECOLI) VS (PROMTH,HAEIN,PASMU,SHEDO)
(SERP5,YEPRE,ECOLI,PROMTH) VS (HAEIN,PASMU,SHEDO)
(SERP5,YEPRE,ECOLI,PROMTH,SHEDO) VS (HAEIN,PASMU)
| Мнемоника | Таксон |
|---|---|
| SERP5 | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Serratia |
| YERPE | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex |
| ECOLI | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia |
| PROMH | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Morganellaceae; Proteus |
| HAEIN | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus |
| PASMU | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Pasteurella |
| SHEDO | cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella |
Ветвь (SERP5,YEPRE,ECOLI,PROMTH) VS (HAEIN,PASMU,SHEDO) выделяет таксон Enterobacterales
Ветвь (SERP5,YEPRE,ECOLI,PROMTH,SHEDO) VS (HAEIN,PASMU) выделяет таксоны Pasteurellales
Ветвь (SERP5,YEPRE) VS (ECOLI,PROMTH,HAEIN,PASMU,SHEDO) выделяет таксон Yersiniaceae
Использованные команды:
fprotdist pr2.fasta pr2.fprotdist - Создание диствнционной матрицы fneighbor -outtreefile neibor(kodomo).tre pr2.fprotdist pr2.fneighbor - Создание файла с деревом
Ниже приведены изображения деревьев из программы MEGA(слева), из программы fneighbor на kodomo(справа). На дереве, полученным вторым способом длины ветвей отличаются от ветвей на первом дереве. Также видна разница в расположении листьев.
