Мною были найдены и выбраны некоторые гомологи белка CLPX_ECOLI в программе Blast на NCBI. Было построено дерево с помощью программы MEGA 7 и метода UPGMA.
На данном дереве видно несколько паралогов из организмов E.coli, Shigella, Enterobacteriaceae. При этом видна группа ортологов: белки Shigella, Enterobacteriaceae и E.coli, в том числе и исходный белок CLPX_ECOLI. Также видно разделение путей эволюции белков в результате видообразования: от общего предка на группы (Shigella, Enterobacteriaceae, E.coli) и (Yersinia, Serratia). Также белки Yersinia и Serratia также разделились в результате видообразования.