Геномное окружение. База данных GO

Получение информации о КОГе, к которому относится белок DNA polymerase I организма Aneurinibacillus sp.

Идентификатор КОГа: COG0749

E-value: 0e+00

Interval: 305-882; Protein length: 882

DNA polymerase I - 3'-5' exonuclease and polymerase domains [Replication, recombination and repair]

ДНК-полимераза I - 3'-5' экзонуклеазный и полимеразный домены [Репликация, рекомбинация и репарация]

Визуализация геномного окружения

Параметры: Neighborhood Size: 9; Occurrence Threshold (%): 20; Taxonomy: Да

В данной группе белков наблюдается консервативное геномное окружение. Оно образовано КОГами: COG0258, COG5002, COG0745, COG0538, COG0266, COG1971, COG0237. Некоторые из них связаны функционально, например, рядом нахоятся гены ДНК-полимеразы и ДНК-гликозилазы. Но не во всех случаях наблюдается консервативность, например, может отсутствовать ген 5'-3' экзонуклеазного домена.

Отнесение белка DNA polymerase I из Aneurinibacillus sp. к терминам GO

Лучшая находка в БД GO: protein DNA polymerase I from Bacillus anthracis str. Ames.

P-value = 3.2e-271

Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q81L03

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
biological process	GO:0006260	DNA replication	Репликация ДНК	ISS
molecular function	GO:0003887	DNA-directed DNA polymerase activity	ДНК-направленная ДНК-полимеразная активность	ISS

Таблица 2.

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
ISS	Inferred from Sequence or structural Similarity	Функция была подтверждена непосредственным исследованием последовательности вручную