Трансмембранные белки

База данных OPM(a)

Выбранный белок(с альфа-спиралями): (4phu) Free fatty acid receptor 1, intermediate state, structure 1

pr7a.png

Выбранный белок(с бета-листами): (5iv9) LPS-assembly protein complex, LptE and LptD

pr7b.png
4phu 5iv9
Толщина гидрофобной части белка в мембране 32 23.4
Координаты трансмембранных спиралей 1( 5- 28),2( 43- 67),3( 76- 102),4( 123- 144),5( 179- 204),6(2223-2249),7(2257-2276) 1( 205- 210), 2( 218- 225), 3( 233- 238), 4( 246- 254), 5( 261- 268), 6( 287- 296), 7( 303- 310), 8( 332- 340), 9( 344- 353),10( 366- 376),11( 382- 391),12( 405- 416),13( 423- 432),14( 458- 467),15( 481- 490),16( 528- 538),17( 548- 557),18( 580- 587),19( 593- 600),20( 610- 618),21( 624- 631),22( 655- 664),23( 671- 676),24( 685- 693),25( 700- 707),26( 724- 731)
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали 24 9
Локализация Трансмембранный Трансмембранный

Анализ предсказания трансмембранных спиралей(TMHMM и Phobius)

TMHMM

# 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Length: 491				- Длина последовательности 
# 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Number of predicted TMHs:  7		- Число предсказанных трансмембранных альфа-спиралей
# 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number of AAs in TMHs: 150.91162	- Число остатков в трансмембранных альфа-спиралях
# 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number, first 60 AAs:  27.73694	- Число остатков в трансмембранных альфа-спиралях, из первых 60 аминокислот
# 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Total prob of N-in:        0.08327	- Вероятность того, что N-конец белка расположен на внутренней стороне мембраны.
# 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE POSSIBLE N-term signal sequence		- Вероятная локализация участков белка
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	outside	     1    19	- Участок вне клетки
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	    20    42	- Участок в мембране
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	inside	    43    54	- Участок в цитоплазме
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	    55    77
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	outside	    78    91
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	    92   114
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	inside	   115   134
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	   135   157
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	outside	   158   200
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	   201   223
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	inside	   224   397
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	   398   420
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	outside	   421   434
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	   435   457
4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	inside	   458   491
4PHU_TMHMM

Ось Y - вероятность локализации участка белка (красным - трансмембранная, синим - цитоплазматическая, розовым - внешняя)

Ось X - аминокислотные остатки

Phobius

ID   4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
FT   TOPO_DOM      1     19       NON CYTOPLASMIC.	- Участок вне клетки  
FT   TRANSMEM     20     43                             - Участок в мембране  
FT   TOPO_DOM     44     54       CYTOPLASMIC.          - Участок в цитоплазме
FT   TRANSMEM     55     74       
FT   TOPO_DOM     75     93       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM     94    113       
FT   TOPO_DOM    114    133       CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    134    157       
FT   TOPO_DOM    158    196       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    197    223       
FT   TOPO_DOM    224    396       CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    397    415       
FT   TOPO_DOM    416    434       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    435    454       
FT   TOPO_DOM    455    491       CYTOPLASMIC.
//
4PHU_TMHMM

Ось Y - вероятность локализации участка белка (со стороны цитоплазмы (зеленым), с внешней стороны (синим), внутри мембраны (серым) или сигнальный пептид (красным)

Ось X - аминокислотные остатки

База данных TCDB

ID(4phu) - 9.A.14

ID(5iv9) - 1.B.42

TCDB ID: x.Y.z, где:
x - класс транспортера(9 - неизвестно, 1 - супер семейство каналов/пор
Y - механизм транспорта(A - неизвестно, B - бета-бочонок)
z - семейство