Выбранный белок(с альфа-спиралями): (4phu) Free fatty acid receptor 1, intermediate state, structure 1
Выбранный белок(с бета-листами): (5iv9) LPS-assembly protein complex, LptE and LptD
4phu | 5iv9 | |
---|---|---|
Толщина гидрофобной части белка в мембране | 32 | 23.4 |
Координаты трансмембранных спиралей | 1( 5- 28),2( 43- 67),3( 76- 102),4( 123- 144),5( 179- 204),6(2223-2249),7(2257-2276) | 1( 205- 210), 2( 218- 225), 3( 233- 238), 4( 246- 254), 5( 261- 268), 6( 287- 296), 7( 303- 310), 8( 332- 340), 9( 344- 353),10( 366- 376),11( 382- 391),12( 405- 416),13( 423- 432),14( 458- 467),15( 481- 490),16( 528- 538),17( 548- 557),18( 580- 587),19( 593- 600),20( 610- 618),21( 624- 631),22( 655- 664),23( 671- 676),24( 685- 693),25( 700- 707),26( 724- 731) |
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали | 24 | 9 |
Локализация | Трансмембранный | Трансмембранный |
# 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Length: 491 - Длина последовательности # 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Number of predicted TMHs: 7 - Число предсказанных трансмембранных альфа-спиралей # 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number of AAs in TMHs: 150.91162 - Число остатков в трансмембранных альфа-спиралях # 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number, first 60 AAs: 27.73694 - Число остатков в трансмембранных альфа-спиралях, из первых 60 аминокислот # 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Total prob of N-in: 0.08327 - Вероятность того, что N-конец белка расположен на внутренней стороне мембраны. # 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE POSSIBLE N-term signal sequence - Вероятная локализация участков белка 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 1 19 - Участок вне клетки 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 20 42 - Участок в мембране 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 43 54 - Участок в цитоплазме 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 55 77 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 78 91 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 92 114 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 115 134 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 135 157 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 158 200 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 201 223 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 224 397 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 398 420 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 421 434 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 435 457 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 458 491
Ось Y - вероятность локализации участка белка (красным - трансмембранная, синим - цитоплазматическая, розовым - внешняя)
Ось X - аминокислотные остатки
ID 4PHU:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE FT TOPO_DOM 1 19 NON CYTOPLASMIC. - Участок вне клетки FT TRANSMEM 20 43 - Участок в мембране FT TOPO_DOM 44 54 CYTOPLASMIC. - Участок в цитоплазме FT TRANSMEM 55 74 FT TOPO_DOM 75 93 NON CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 94 113 FT TOPO_DOM 114 133 CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 134 157 FT TOPO_DOM 158 196 NON CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 197 223 FT TOPO_DOM 224 396 CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 397 415 FT TOPO_DOM 416 434 NON CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 435 454 FT TOPO_DOM 455 491 CYTOPLASMIC. //
Ось Y - вероятность локализации участка белка (со стороны цитоплазмы (зеленым), с внешней стороны (синим), внутри мембраны (серым) или сигнальный пептид (красным)
Ось X - аминокислотные остатки
ID(4phu) - 9.A.14
ID(5iv9) - 1.B.42
TCDB ID: x.Y.z, где: x - класс транспортера(9 - неизвестно, 1 - супер семейство каналов/пор Y - механизм транспорта(A - неизвестно, B - бета-бочонок) z - семейство