Занятие 6. Пакет EMBOSS

Задание 1

seq1 V P N A R V A R L I L E D L V E A N K D
seq2 C M P N A R V A R L N L E D E E Q R K K D
Вес –12 1 7 6 4 5 4 4 5 4 –3 4 5 6 –3 –2 2 –1 0 5 6

Вес выравнивания: 59

Задание 2

Забавно, что и выравнивание, и вес совпали.

Задание 3

В частичное выравнивание вошли с 4 по 441 и со 2 по 439 аминокислотный остаток для первой и второй последовательности соответственно.
Локальное выравнивание не совпадает с "ограничением" глобального на эти участки, например в локальном К(4) соответствует К, S(5) соответствует K, а в глобальном этим же буквам соответствует gap.
Глобальное выравнивание имеет меньший вес (1723,5 против 1725 в локальном). Это обусловлено тем, что глобальное выравнивание включает в себя концевые участки, которые могут значительно отличаться.

Задание 1*

Задание 2*

Программой было сделано 5 альтернативных выравниваний, первое длиной 438 идентичностью 72,4%. А вот остальные четыре значительно меньше (длиной 19, 13, 22, 17) как и длина, их процент идентичности близки друг к другу (36,8%, 46,2%, 36,4%, 35,3%)
Выравнивания