Практикум 11

Было выбрано семейство пиридин-нуклеотид-дисульфидо-оксидоредуктаз. (АС: PF00070, ID: Pyr_redox)

Ссылка на семейство в Pfam

Name: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

Число последовательностей в seed:90

Число последовательностей в full: 382

Число доменных архитектур: 51

Число видов: 269

Задание 3

Всего 114 колонок

Ссылка на выравнивание

Я раскрасил выравнивание по clustal в jalview и по above identify threshhold и с разными процентами идентичности я смотрел кол-во окрашенных колонок. При 100% - 1 колонка 0,87%. При 80% - 4 колонки 3,51%. При 65% - 7 колонок 6,14%

Я установил наиболее достоверные блоки для всез последовательностей исходя из окрашивания в колонках:(2:6) (12:18)

Для последовательностей с 17-25 и последних трёх есть достоверный блок в колонках: (2:18)

Для последних трёх последовательностей есть достоверный блок

Участки где нет достоверных подблоков в колонках: (47:50) (68:75)

Так как мы нашли достоверные подблоки, как для всех последовательностей так и для выборки, то вполне можно судить о ходе эволюции