В качестве поискового запроса я задал taxonomy_id моего организма (taxonomy_id:29384) и отфильтровал результаты с наибольшим значением annotation score. В общем система выдала 4100 результата. Только 9 их них имели annotation score равный 4. Самая понятная с первого взгляда функция - у ЦТФ-синтазы (ID:A0A151A1A2_9STAP; AC:A0A151A1A2; A0A2T4REW6)
ЦТФ-синтаза катализирует АТФ-зависимое аминирование УТФ до ЦТФ с использованием в качестве источника азота L-глутамин или аммиак. Регулирует внутриклеточные уровни ЦТФ посредством взаимодействия с четырьмя рибонуклеотидтрифосфатами.
В качестве первого запроса я решил проверить, какие белки выдаются при поиске ЦТФ-синтазы по классификации ферментов, но не называются собственно ЦТФ-синтазами. Всего выдалось 496 результатов. Оказалось, что большинство результатов выдаётся как ЦТФ-синтетаза. В небольшом количестве белков были даны либо неправильные названия, либо неправильная классификация.
(ec:6.3.4.2) NOT (protein_name:"ctp synthase")
Далее я проверил, имеется ли у человека похожий белок. Также я потребовал, чтобы записи были проверенные (reviewed). Оказалось, что у человека есть две формы этого белка.
(ec:6.3.4.2) AND (taxonomy_id:9606) AND (reviewed:true)
По этому поисковому запросу мне выдалось 6 результатов. Я хотел найти белки у моей бактерии, которые проявляют каталитическую активность в отношении ЦТФ, кроме ЦТФ-синтазы
(taxonomy_id:29384) AND (cc_catalytic_activity:"CHEBI:37563") NOT (protein_name:"ctp synthase")