Практикум 8

табл. 1 Протеомы бактерий

Бактерия	ID протеома	Общее кол-во белков	Кол-во белков в swiss-prot
Staphylococcus aureus	UP000008816	2889	803
Staphylococcus epidermidis	UP000000531	2492	760

В качестве первого протеома я решил выбрать протеом Staphylococcus aureus. Количество белков в swiss-prot равно 803. В качестве протеома сравнения - протеом Staphylococcus epidermidis. Количество белков в swiss-prot равно 760. Оба протеома являются референсными. Staphylococcus aureus - известная бактерия, вызывающая массовые внутрибольничные инфекции.

Основное практическое различие бактерий - в способности синтезировать коагулазу. Она вызывает превращение фибриногена в фибрин. Это позволяет бактериям окружить себя фибриновой оболочкой, которая помогает избегать обнаружения иммунной системой.

Команда, с помощью которой был скачан файл с протеомом на kodomo: wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000000531)' -O UP000000531.swiss.gz

Сравнение протеомов по группам белков

Поисковые запросы, использовавшиеся при выполнении задания:

(proteome:UP000008816) AND (ft_transmem:*)

(proteome:UP000008816) AND (ec:*)

(proteome:UP000008816) AND (protein_name:coagulase)

табл. 2 Количество разных белков у бактерий

Группа белков	Staphylococcus aureus	Staphylococcus epidermidis
Трансмембранные белки	673	566
Ферменты	743	695
Коагулаза	2	0

Cравнение протеомов

Я решил посмотреть, насколько различается количество кофакторов в бактериях. Для этого я использовал скрипт на python. Количество кофакторов наверное зависит от количества белков, и у наших бактерий оно отличается. Однако сравнение показывает, что количество кофакторов у нашей бактерии не сильно отличается друг от друга

табл. 3 Количество кофакторов у бактерий

Кофактор	S. aureus	S. epidermidis
Mg(2+)	87	92
Mn(2+)	20	14
Zn(2+)	61	60
FAD	24	27
FMN	15	12
Co(2+)	5	6
pyridoxal 5'-phosphate	42	33
(R)-lipoate	4	5
biotin	1	1
thiamine diphosphate	7	9
[4Fe-4S] cluster	22	23
K(+)	5	5