Практикум 9

табл.1 Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков

Protein name	ID1	ID2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Polynucleotide phosphorylase (PNP)	PNP_ECOLI	PNP_BACSU	1730,0	49,2	66,4	42	7
Transcription termination factor Rho (RHO)	RHO_ECOLI	RHO_BACSU	1220,0	54,6	73,3	22	6
Catalase (CATE)	CATE_ECOLI	CATE_BACSU	1934,0	49,3	62,4	89	12

табл.2 Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков

Protein name	ID1	ID2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Polynucleotide phosphorylase	PNP_ECOLI	PNP_BACSU	1736,0	51,7	69,7	10	4	96,1	97,4
Transcription termination factor Rho	RHO_ECOLI	RHO_BACSU	1220,0	56,6	75,9	8	4	99,8	96,5
Catalase	CATE_ECOLI	CATE_BACSU	1940,5	53,9	68,1	26	9	91,1	99,4

табл.3 Глобальное и локальное выравнивание для белков с разными функциями

Выравнивание	ID1	ID2	Score	Identity %	Similarity %	Gaps %	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Глобальное	ARGB_ECOLI	GUAC_BACSU	42,0	15,6	24,3	55,4 (224)	23	-	-
Локальное	ARGB_ECOLI	GUAC_BACSU	57,5	24,3	38,6	30,7 (62)	15	65,5%	51,8%

Я вижу, что у этого выравнивания низкий вес, и большую часть выравнивания составляют гэпы, что говорит о том, что наши белки не являются гомологичными.

Задание 4

CATE - для E.Coli это мнемоника белка каталаза, белка, катализирующего распад пероксида водорода. Но для эукариотов почему-то CATE называется совершенно другой белок - катепсин E, который учавствует в процессинге белков.

Всего нашлось 13 белков. Я выбрал пять белков, которые принадлежали млекопитающим

Выравнивание я сделал с помощью команды muscle на сервере. Команда: muscle -in Katalaseu.fasta -out Kata_align.fasta ; где Katalaseu.fasta - файл с usa выбранных последовательностей, а Kata_align.fasta - выводной файл.

Ссылка на файл с проектом Jalview

Белки хорошо выровнялись, и мы видим, что они скорее всего являются гомологичными, так как организмы не слишком далеки друг от друга в плане эволюции. Очевидно можно заметить неконсервативные участки, к примеру (55-58) (130) (226) (307)