Практикум 15. Сборка de novo

Команды:

wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR424/008/SRR4240378/SRR4240378.fastq.gz

скачиваю архив

seqret -seq /mnt/scratch/NGS/adapters/'*' -outseq adapters.fasta

объединяю последовательности адаптеров

fastqc SRR4240378.fastq.gz

получил страницу с оценкой чтений до обработки

java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE -phred33
SRR4240378.fastq.gz output.fastq.gz ILLUMINACLIP:adapters.fasta:2:7:7

удалил адаптеры, они составили 1.8% чтений.

java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE -phred33 output.fastq.gz final.fastq.gz 
    TRAILING:20 MINLEN:32

fastqc

Cокращение размеров файлов за две очистки: 4420587 - 4338743 - 4154736

velveth kmers_velv 31 -fastq.gz final.fastq.gz -short

создает папку kmers_velv, где хранятся k-меры длины 31

velvetg kmers_velv &> assembly.log

Производит сборку по k-мерам, полученным velveth'ом и записывает основную информацию в log-файл

N50: 7028 нуклеотидов

stats.txt

самые длинные контиги: 8, 57, 15. их длины составили 36746, 19371, 16745 соответственно.