Практикум 7.

Описание сборки генома эукариотического организма

• Латинское название: Arabidopsis thaliana
• Цветковое растение. Благодаря короткому циклу развития является распространенным модельным организмом.

• 

• Число сборок: 103
• Название: TAIR10.1
• AC сборки из RefSeq: GCF_000001735.4
• Уровень сборки: Chromosome
• Общая длина сборки: 119,668,634
• Число скэффолдов: 7
• Скэффолд N50: 23 459 830
• Скэффолд L50: 3
• Число контигов: 102
• Контиг N50: 11 194 537
• Контиг L50: 5
• Последовательность одного из контигов(взят для сборки SAIL_oxford_assembly, так как для TAIR10.1 WGS проект не указан).

CDS одного из прокариотических вирусов

Список полных геномов вирусов семейства Siphoviridae длины от 30 до 40 Kb. Текст запроса: Siphoviridae[PORG] AND 30000:40000[SLEN] AND "complete genome"[All Fields]. INSDC (GenBank)(1,379) RefSeq(298).

• AC: NC_010945
• Латинское название и TaxID вида: Streptococcus phage PH15. taxid: 537874
• Тип генома: Линейная ДНК
• Хозяин вируса: Streptococcus gordonii
• Ссылка на файл .fasta с участками генома, предположительно кодирующими белки (CDS). "Send to" > "Coding Sequences" > "FASTA Nucleotide"

Описание пяти ключей, используемых в таблице локальных особенностей.

1. CDS - кодирующая последовательность, то есть отвечающая аминокислотной последовательности в белке.

   CDS             172..1953
                        /gene="Slc26a11"
                        /note="solute carrier family 26 (anion exchanger), member
                        11"
                        /codon_start=1
                        /product="sodium-independent sulfate anion transporter"
                        /protein_id="NP_001385736.1"
                        /db_xref="GeneID:360670"
                        /db_xref="RGD:1306178"
                        /translation="MAPDTHCCSRADLRRRLPVLAWLPNYSLRWLRMDVIAGLSVGLT
                        VIPQALAYAEVAGLPPQYGLYSAFMGCFVYFVLGTSRDVTLGPTAIMSLLVSYYTFRE
                        PAYAVLLAFLSGCIQLAMGLLHLGFLLDFISCPVIKGFTSAASITIGFGQVKNLLGLQ
                        NIPRQFFLQVYHTFLHIGETRVGDAILGLVCMVLLLVLKLMREHIPPPHPEMPLGVKF
                        SRGLVWTVTTARNALVVSFAALIAYAFEVTGSHPFILTGKIAQGLPPVRMPPFSVTTD
                        NKTISFSEMVQDMGVGLAVVPLMGLLETIAVAKSFASQNNYRIDANQELLAIGLTNVL
                        GSLVSSYPVTGSFGRTAVNAQTGVCTPAGGLVTGVLVLLSLDYLTLLFYYIPKSALAA
                        VIIMAVAPLFDVKIFRRLWLVQRLDLLPLCVTFLLSFWEIQYGILAGTLVSLLILLHS
                        VARPKTQVSEGQILVLQPASGLHFPAVDALREAMTKRALEASPPRSAVLECTHVSNID
                        YTVILGLGELLEDFQKKGVTLAFVGLQVPVLRTLLAADLKGFQYFTTLEEAEKSLQQE
                        PGTQPYSIREDTAPEHRSSLLKSPSGP"

2. exon - участок генома, кодирующий часть сплайсированной РНК.

   exon            355..547
                        /gene="Slc26a11"
                        /inference="alignment:Splign:2.1.0"

3. modified_base - модифицированный нуклеотид.

   modified_base   1
                        /note="m7Gppp cap"
                        /mod_base=OTHER

4. ncRNA - не белок кодирующая, не рибосомальная и не транспортная РНК.

   ncRNA           1186523..1186890
                        /ncRNA_class="RNase_P_RNA"
                        /gene="rnpB"
                        /locus_tag="KCP69_06405"
                        /product="RNase P RNA component class A"
                        /inference="COORDINATES: nucleotide
                        motif:Rfam:12.0:RF00010"
                        /inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"
                        /note="Derived by automated computational analysis using
                        gene prediction method: cmsearch."
                        /db_xref="RFAM:RF00010"

5. old_sequence - предыдущуая версия последовательности этого участка.

   old_sequence    300..302
                        /note="gac was cga"
                        /citation=[3]