Практикум 9. Entrez Direct, BLAST+, EMBOSS

Поиск гомологов белков в неаннотированном геноме Amoeboaphelidium protococcarum

В заданной сборке генома Amoeboaphelidium protococcarum необходимо проверить наличие трёх эукариотических белков.

Saccharomyces cerevisiae очень хорошо изучен и является грибом, то есть близким организмом.

Запрос:

organism:"saccharomyces cerevisiae" and reviewed:yes

Были выбраны три белка: GTP-binding protein YPT6_YEAST, Calcium channel YVC1_YEAST, Serine/threonine-protein kinase YPK1_YEAST.

Команда для получения последовательностей:

seqret 'sw:XXXX_YEAST' XXXX.fasta

Была созданна локальная БД, и был проведен по ней поиск гомологов:

makeblastdb -in X5.fasta -dbtype nucl
tblastn -query XXXX.fasta -db X5.fasta -out XXXX.out

Результаты:

• YPT6.out - Есть хорошие находки с E-value порядка 1е-40, так что гомологи вполне могут присутствовать. Находки имеют Identity порядка 40%, что может говорить о неконсервативности этого белка.
• YVC1.out - Ни одной находки не найдено, значит гомологичных белков скорее всего нет.
• YPK1.out - Есть находки с E-value порядка 1е-100 и Identity около 65%. Вероятнее всего гомологичные белки имеются.

Упражнения по EMBOSS

emboss.txt

Работа с Entrez Direct

edirect.sh