Практикум 6. Секвенирование по Сэнгеру

46_F.ab1 - прямая
46_R.ab1 - обратная

Нечитаемые участки:
в F: 1-18; 710-717
в R: 1-28; 704-717

Полученная референсная последовательность. и выравнивание с прямой и обратной последовательностями.

Исправленные последовательности: 46_F.fasta 46_R.fasta

Выравнивание на консенсусную последовательность

Проблемные нуклеотиды

В последующих изображениях сверху вниз изображены: референсная п-ть, консенсусная п-ть, номер нуклеотидов, 46_F, ее хроматограмма, 46_R, ее хроматограмма.

Рисунок 1. В обратном прочтении полиморфизм, N заменено на Y.

Рисунок 2. Полиморфизм 390 нуклеотида, заменено на M.

Рисунок 3. В прямом прочтении два пика равной интенсивности, заменено на K.

Рисунок 4. Пятна краски в обратном прочтении. Сравнение с прямой последовательностью позволяет отдать предпочтение варианту, полученному автоматически.

Рисунок 5. Три довольно заметных полиморфизма в конце прямого прочтения.

Обе хроматограммы качественные. Отношение сигнала к шуму в хроматограмме примерно 4 к 1. Всего одно пятно краски. Качество понижается за счет локального повышения сигнала шума.

Нечитаемый фрагмент хроматограммы

В файле с хроматограммой был рассмотрен участок 468-470. Несколько пиков соответствуют одному нуклеотиду, а расстояние между ними разное. Возможно, при секвенировании были зафиксированы сигналы от разных фрагментов ДНК.