Практикум 11.

Для выполнения задания был выбран ECHS1 для анализа в базе данных Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG).

Я зашел на главную страницу сайта и написал запрос в строку поиска, чтобы получить ссылки на информацию по гену.(Рис. 1) Использовался поиск в KEGG, а не по подразделам, чтобы ознакомиться с более общей выдачей.(Рис. 2)

Рис. 1. Начало анализа.
Рис. 2. Выдача поиска.

Прошел по ссылке с информацией о гене человека(где "hsa..."). На странице можно увидеть таблицу с общим описанием гена: его название, метаболические пути, в которых задействован фермент, заболевания, последовательности гена и продукта, а также классификация фермента.(Рис. 3) У еноил-КоА гидратазы EC:4.2.1.17(КФ 4 - лиазы, КФ 4.2 - ферменты, расщепляющие углерод-кислородные связи, 4.2.1 - гидролиазы, 4.2.1.17 - еноил-КоА гидратаза). Помимо таблицы справа от нее есть ссылки на дополнительную информацию.

Рис. 3. Таблица с описанием гена.

В KEGG PATHWAY представлено 11 метаболических путей, включающих этот белок. На рисунке 4 представлена схема одного из них - элонгация жирной кислоты, - где фермент отмечен красным цветом. Кроме того есть ссылки на записи о других ферментах и интермедиатах.

Рис. 4. Элонгация жирной кислоты.

Переход по идентификатору КО(KEGG ORTHOLOGY) позволяет увидеть таблицу, связывающую ортологичные гены и метаболические пути, в которые включены их продукты.

KEGG REACTION содержит информацию о реакциях. Таблица для одной из возможных реакций, которые катализирует этот фермент, представлена на рисунке 5. Это реакция превращения гидрокси-группы в двойную связь с отщеплением воды. Приведены ссылки на сопутствующие записи, в частности - на вещества из KEGG COMPOUND.

Рис. 5. Таблица с описанием реакции.

В KEGG DISEASES представлена информация о заболевании, связанном с дисфункцией данного гена. В общей таблице указано одно заболевание - нарушения митохондриального окисления жирных кислот. Соответствующая запись содержит различную информацию о медицинской значимости гена.

Рис. 6. Таблица с описанием болезни.

Таким образом, с помощью базы данных KEGG удалось узнать, что ген ECHS1 кодирует еноил-КоА гидратазу, нарушение его работы вызывает заболевания, связанные с окислением жирных кислот. Удалось так же узнать класс фермента, метаболические пути, в которых он задействован, реакцию, которую он катализирует, и ортологичные гены.