Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Отобранные бактерии.

Название Мнемоника
Acidothermus cellulolyticus ACIC1
Arthrobacter sp. ARTS2
Bifidobacterium longum BIFLO
Clavibacter michiganensis CLAMS
Leifsonia xyli LEIXX
Nocardioides sp. NOCSJ
Streptomyces avermitilis STRAW
Thermobifida fusca THEFY

Скобочная форма дерева.

((((STRAW, THEFY),ACIC1),NOCSJ),(((LEIXX, CLAMS),ARTS2),BIFLO));

Рис. 1. Изображение дерева.

Нетривиальные ветви дерева.

  1. {STRAW, THEFY}vs{ACIC1,NOCSJ,LEIXX,CLAMS,ARTS2,BIFLO}
  2. {STRAW, THEFY,ACIC1}vs{NOCSJ,LEIXX,CLAMS,ARTS2,BIFLO}
  3. {STRAW, THEFY,ACIC1,NOCSJ}vs{LEIXX,CLAMS,ARTS2,BIFLO}
  4. {STRAW, THEFY,ACIC1,NOCSJ,BIFLO}vs{ARTS2,LEIXX,CLAMS}
  5. {STRAW, THEFY,ACIC1,NOCSJ,BIFLO,ARTS2}vs{LEIXX,CLAMS}

Таксономия бактерий.

Все бактерии относятся к классу Actinomycetia. Нетривиальная ветвь {ARTS2, LEIXX, CLAMS} выделяет семейство Micrococcaceae.

Название Таксономия
Acidothermus cellulolyticus Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Acidothermales; Acidothermaceae; Acidothermus
Arthrobacter sp. Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Micrococcales; Micrococcaceae; Arthrobacter; unclassified Arthrobacter
Bifidobacterium longum Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Bifidobacteriales; Bifidobacteriaceae; Bifidobacterium
Clavibacter michiganensis Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Micrococcales; Microbacteriaceae; Clavibacter
Leifsonia xyli Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Micrococcales; Microbacteriaceae; Leifsonia
Nocardioides sp. Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Propionibacteriales; Nocardioidaceae; Nocardioides; unclassified Nocardioides
Streptomyces avermitilis Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Streptomyces
Thermobifida fusca Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Streptosporangiales; Nocardiopsaceae; Thermobifida
Коллоквиум 1.