Практикум 4.

Отобранные бактерии.

Название	Мнемоника
Acidothermus cellulolyticus	ACIC1
Arthrobacter sp.	ARTS2
Bifidobacterium longum	BIFLO
Clavibacter michiganensis	CLAMS
Leifsonia xyli	LEIXX
Nocardioides sp.	NOCSJ
Streptomyces avermitilis	STRAW
Thermobifida fusca	THEFY

Задание 1.

С использованием команд провели поиск гомологов белка CLPX_ECOLI и получили Список находок.

Задание 2.

В программу Jalview 2.11.2.4 был загружен список находок, там же было построено выравнивание соответствующих последовательностей алгоритмом Muscle. Выравнивание импортированно в прорамму MEGAX методом Analyze. Получено дерево(Newick) алгоритмом Neighbor-joining.

Рис. 1. Изображение дерева.

Ортологи: CLPX_STRAW и CLPX_NOCSJ, Q6ACQ0_LEIXX и B0RHW4_CLAMS, Q82EB8_STRAW и Q8G871_BIFLO.

Паралоги: A0K236_ARTS2 и A0K1M3_ARTS2, RUVB_BIFLO и CLPX_BIFLO, FTSH_ACIC1 и A0LRB8_ACIC1.

Рис. 2. Изображение дерева с обведенными ортологичными группами.

Рис. 3. Изображение дерева со "схлопнутыми" ортологичными группами.

Красная ортологичная группа соответсвует АТФ-связывающей субъединицей АТФ-зависимой протеазы Clp. Этот белок есть у всех выбранных бактерий. Топология у дерева такая же, как и в первом практикуме, но укоренение отличается.

Зеленая ортологичная группа соответствует АТФ-зависимой цинковой металлопротеазой FtsH. Этот белок так же найден у всех бактерий. Совпадающее поддерево - ((LEIXX, CLAMS), ARTS2). Имеется ветвь {STRAW, THEFY,ACIC1,NOCSJ}vs{LEIXX,CLAMS,ARTS2,BIFLO}, но дерево в нее не укореняется, в отличие от первоначального.