Занятие 2. Банк UniProt




Банк UniProt

 Метка поляСодержание
Код(ы) доступа ("Accession number")ACP08877
Идентификатор записи в БДIDPTHP_BACSU
Название (краткое описание) белкаDEPhosphocarrier/
Histidine-containing protein
Дата создания документаDT01-NOV-1988
Дата последнего исправления аннотацииDT11-JAN-2011
Число публикаций, использованных при создании документаRN13
Журнал и год самой поздней публикацииRLProc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
99:13437-13441(2002)
Ключевые словаKW3D-structure(3D-структура)
Complete proteome(Полный протеом)
Cytoplasm(Цитоплазма)
Direct protein sequencing
(Прямая белковая последовательность)
Kinase(Киназа)
Phosphoprotein(Фосфопротеин)
Phosphotransferase system
(Фосфотрансферазная система)
Sugar transport(Транспорт сахара)
Transcription(Транскрипция)
Transcription regulation
(Транскрипционная регуляция)
Transferase(Трансфераза)
Transport(Траснпорт)
Что содержит поле комментариев?CCFUNCTION(Функция)
CATALYTIC ACTIVITY(Каталитическая активность)
ENZYME REGULATION(Ферментативная регуляция)
SUBCELLULAR LOCATION(Внутриклеточная локализация)
SIMILARITY(Сходство с другими белками)
Идентификаторы записей PDBDR1KKM

Вопрос о белке:

Какова последовательность белка,кол-во аминокислотных остатков в нем,его молекулярная масса?

Ответ:
88AA,9189MW
MAQKTFKVTA DSGIHARPAT VLVQTASKYD
ADVNLEYNGK TVNLKSIMGV MSLGIAKGAE
ITISASGADE NDALNALEET MKSEGLGE

Определение того, сколько белков в UniProt имеют примерно тоже описание (DE), что и Мой белок

Запрос Число записей в SwissProt Число записей в TrEMBL
Histidine-containing protein5765
Phosphocarrier3673,381
EC=2.7.11.-3,6346,238

Сравнение записи моего белка с записью белка с похожим описанием

  Метка поля Белок 1(исходный) Белок 2(подобный)
Первый код доступа AC P08877 P0AA04
Идентификатор последовательности в БД ID PTHP_BACSU PTHP_ECOLI
Название (краткое описание) белка DE Phosphocarrier/
Histidine-containing protein
Phosphocarrier/
Histidine-containing protein
Дата создания документа DT 01-NOV-1988 01-APR-1988
Дата последнего исправления аннотации DT 11-JAN-2011 08-FEB-2011
Название организма OS Bacillus subtilis Escherichia coli
Классификация организма (список таксонов) OC Bacteria
Firmicutes
Bacillales
Bacillaceae
Bacillus
Bacteria
Proteobacteria
Gammaproteobacteria
Enterobacteriales
Enterobacteriaceae
Escherichia
Длина последовательности SQ/FT/ID 88 AA 85 AA
Молекулярная масса белка SQ 9189 MW 9119 MW
Число публикаций, использованных при создании документа RN 13 20
Журнал и год самой поздней публикации RL Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
99:13437-13441(2002)
Nat. Struct. Biol. 6:166-173(1999)
Описание вторичной структуры FT INIT_MET 1 1 Removed.
CHAIN 2 88 Phosphocarrier protein HPr.
/FTId=PRO_0000107842.
DOMAIN 2 88 HPr.
ACT_SITE 15 15 Pros-phosphohistidine intermediate.
MOD_RES 12 12 Phosphoserine.
MOD_RES 46 46 Phosphoserine; by HPrK/P.
MUTAGEN 46 46 S->A: No phosphorylation by HPrK/P;
abolishes the catabolite repressive
effects of glucose on gluconate kinase,
glucitol dehydrogenase, and the mannitol-
specific catabolic enzymes.
STRAND 3 8
HELIX 16 26
STRAND 29 37
STRAND 40 43
HELIX 47 53
STRAND 60 67
HELIX 70 83
BETA STRAND 2 – 7 6
HELIX 16 – 26 11
BETA STRAND 31 – 37 7
BETA STRAND 40 – 43 4
HELIX 47 – 50 4
BETA STRAND 60 – 67 8
HELIX 70 – 83 14
Ключевые слова KW 3D-structure(3D-структура)
Complete proteome(Полный протеом)
Cytoplasm(Цитоплазма)
Direct protein sequencing
(Прямая белковая последовательность)
Kinase(Киназа)
Phosphoprotein(Фосфопротеин)
Phosphotransferase system
(Фосфотрансферазная система)
Sugar transport(Транспорт сахара)
Transcription(Транскрипция)
Transcription regulation
(Транскрипционная регуляция)
Transferase(Трансфераза)
Transport(Траснпорт)
3D-structure(3D-структура)
Complete proteome(Полный протеом)
Cytoplasm(Цитоплазма)
Direct protein sequencing
(Прямая белковая последовательность)
Kinase(Киназа)
Phosphotransferase system
(Фосфотрансферазная система)
Sugar transport(Транспорт сахара)
Transferase(Трансфераза)
Transport(Траснпорт)
Темы, освещённые в комментариях CC FUNCTION(Функция)
CATALYTIC ACTIVITY(Каталитическая активность)
ENZYME REGULATION(Ферментативная регуляция)
SUBCELLULAR LOCATION(Внутриклеточная локализация)
SIMILARITY(Сходство с другими белками)
FUNCTION(Функция)
CATALYTIC ACTIVITY(Каталитическая активность)
SUBCELLULAR LOCATION(Внутриклеточная локализация)
SIMILARITY(Сходство с другими белками)
Особенности последовательности FT MAQKTFKVTA DSGIHARPAT VLVQTASKYD
ADVNLEYNGK TVNLKSIMGV MSLGIAKGAE
ITISASGADE NDALNALEET MKSEGLGE
MFQQEVTITA PNGLHTRPAA QFVKEAKGFT SEITVTSNGK SASAKSLFKL QTLGLTQGTV VTISAEGEDE QKAVEHLVKL MAELE
Идентификаторы записей PDB DR 1KKM 3ССD/1VRC/2JEL(цепи A/B,C/D,P)

Мои впечатления от сравнения двух записей белков

Оба белка, на первый взгляд, очень различны: по структуре, длине и массе последовательностей, организмам-хозяинам, однако при дальнейшем исследовании становится ясно, что белки обладают множеством сходных признаков: начиная с даты публикации информации о них и закончивая выполняемыми функциями ими функциями.


©Андреянова Екатерина