Поисковые системы MRS/SRS/UniProt
1.Поиск моего белка РТНР_ВАСSU в банке SwissProt, используя три поисковые системы
Форма записи в основном идентичная во всех поисковых системах, однако можно найти и отличия в особенностях формы предоставления информации о последовательности моего белка:
- В МRS: все представлено в виде строк, нет цветных диаграмм последовательности.
- В SRS: как и в MRS, информация в виде строк + цветная диаграмма с распределеним всех критериев последовательности.
- В UniProt: информация представлена в виде таблицы с графическим изображением положения критериев последовательности
+ отдельно показана диаграмма, иллюстрирующая положение элементов вторичной структуры данного белка:
α-спиралей, β-тяжей и β-поворотов.
2.Изучение страницы с описанием поля "Taxonomy" банка SwissProt
Ответы на вопросы:
- bacillaceae
- bacillales
- bacillariaceae
- bacillariales
- bacillariophyceae
- bacillariophycidae
- bacillariophyta
- bacillus
Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из рода Bacillus?
- 15224
Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из отдела Firmicutes?
- 67291
Названия каких таксонов начинаются на "bacil"?
3.Поиск белков из рода Firmicutes, выполняющих функцию, сходную с функцией моего белка
| Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов |
|---|---|---|
| phosphotransferase | ([swissprot-Description:phosphotransferase*] & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*]) | 540 |
| corepressor in carbon catabolite repression | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ((((([swissprot-AllText:corepressor*] & [swissprot-AllText:in*]) & [swissprot-AllText:carbon*]) & [swissprot-AllText:catabolite*]) & [swissprot-AllText:repression*]) | [swissprot-AllText:corepressor in carbon catabolite repress ion*])) | 25 |
| catalyzes the phosphorylation of incoming sugar substrates | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ((((((([swissprot-AllText:catalyzes*] & [swissprot-AllText:the*]) & [swissprot-AllText:phosphorylation*]) & [swissprot-AllText:of*]) & [swissprot-AllText:incoming*]) & [swissprot-AllText:sugar*]) & [swissprot-AllText:substrates*]) | [swissprot-AllText:catalyzes the phosphorylation of incomin g sugar substrates*])) | 205 |
| coordinate and optimize the utilization of available carbon sources | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ((((((((([swissprot-AllText:coordinate*] & [swissprot-AllText:and*]) & [swissprot-AllText:optimize*]) & [swissprot-AllText:the*]) & [swissprot-AllText:utilization*]) & [swissprot-AllText:of*]) & [swissprot-AllText:available*]) & [swissprot-AllText:carbon*]) & [swissprot-AllText:sources*]) | [swissprot-AllText:coordinate and optimize the utilization of available carbon sources*])) | 25 |
4.Последовательности в fasta-формате для второго запроса:
Аминокислотные последовательности
5.Записи SwissProt, связанные с научными интересами известного советского биолога А.А.Нейфаха
6.С помощью программы grep расчет количества записей, содержащихся в файле с белками Bacillus subtilis
Команда:
cd /P/y10/Term_2/Block1/Practice3
grep -c '^ID' bacsu.gbk
Ответ: 18202
Команда(посчет количества записей белков, имеющих от десяти до пятнадцати ссылок из литературы):
grep '^RN' bacsu.gbk | grep -c '1[012345]'
Ответ: 42