Выравнивание последовательностей
1.Выравнивание коротких последовательностей
|
Процент идентичности: ~ 68% |
2.Поиск фрагмента во всей последовательности моего белка
Координаты фрагмента seq1: |
3.Сравнение последовательностей двух белков
| ID | Название белка | Организм | Процент идентичности | Процент сходства | Число гэпов | Координаты выровненного участка |
|---|---|---|---|---|---|---|
P08877 Q9WXI5 | Histidine-containing protein Phosphocarrier protein HPr | Bacillus subtilis Buchnera aphidicola subsp | 42% | 64% | 0% | 1-81 |
Карта локального сходства
Сравнивая последовательности двух белков, можно сделать вывод о том, что эти белки достаточно
гомологичны,
так как выравнивание не содержит гэпов, и на карте локального сходства это демонстрирует непрерывная линия.
1*.Выравнивание последовательностей P08877 и Q9WXI5 в GeneDoc
|
Процент идентичности: ~ 42% |
2*.Эксперимент с программой bl2seq
| ID белка | Матрица | Штраф за гэпы (existence-extension) | Процент идентичности | Процент сходства | Число гэпов | Координаты выровненного участка |
|---|---|---|---|---|---|---|
P08877 Q9WXI5 | PAM30 PAM70 BLOSUM80 | 7-2 8-2 10-1 | 42% | 48% 64% 63% | 0% | 1-81 |