В результате создания программой stretcher
оптимального выравнивания тех же последовательностей, что и вручную в GeneDoc,
получилось выравнивание с большим весом, чем в результате выравнивания вручную.
Оно было достигнуто за счет уменьшения числа гэпов и уменьшения числа идентичных
пар.
Полное и частичное выравнивания последовательностей моего
белка PTHP_BACSU и родственного белка PTHP_BUCAI с помощью
программ needle и
water:
В частичное выравнивание вошли участки последоватеьностей:
1-81, на которых локальное выравнивание совпадает с
"ограничением" глобального. Вес оптимального локального
выравнивания - 178 больше веса оптимального глобального
выравнивания - 172, как и должно быть. Иначе быть не может,
так как при частичном выравнивании легче уменьшить число
гэпов и соответственно увеличить вес, который значительно
уменьшается при их использовании, а при глобальном
выравнивании избежать вхождение гэпов сложнее и невозможно
его сделать меньшим, чем в случае с частичным выравниванием.
Карта локального сходства двух последовательностей белков: моего PTHP_BACSU и родственного ему PTHP_BUCAI
Cубоптимальные локальные выравнивания двух выше указанных последовательностей с помощью программы
matcher
Программа matcher должна выдавать несколько (по умолчанию три) частичных
выравниваний с наибольшим весом. В результате использования программы matcher
для выравнивания двух последовательностей белков: моего PTHP_BACSU и родственного
ему PTHP_BUCAI было получено частичное выравнивание участка с координатами 1-81 с наибольшим весом - 178,
такое же, как и программой water.
