1. Опиcaние доменной архитектуры моего белка P08877 в соответствии с БД Pfam
Cхема из Pfam:
|
||||||
| Пояснения к схеме |
||||||
| № | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов (с кратким пояснением) |
Положение в последовательности белка PTHP_BACSU | Клан | Interactions(Взаимодействия) |
| 1 | PF00381 | PTS-HPr | Семейство доменов названо по названию цитоплазматического фермента, компонента фосфотрансферазной системы, где источником энергии является фосфоенолпируват, в результате которой бактерия поглощает сахара | 1–84 | Нет описания клана | их 12:Peripla_BP_1(2) Hpr_kinase_C(2) PTS-HPr(2) PEP-utilisers_N(2) PEP-utilizers(2) PTS_EIIA_1(2) |
2. Информация о домене PF00381 моего белка
- Во сколько разных архитектур входит домен?
в 13 разных архитектур - Для какого числа белков, содержащих домен, известна последовательность?
для 3344 белков - Для какого числа разных белков, содержащих домен,
определена пространственная структура (домена или всего белка)?
для 10 белков - Выравнивание seed фрагментов белков
3. Описание доменных архитектур, в которых присутствует два или более разных доменов
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF00359
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | 1 |
| Грибы | 0 | |
| Животные | 13 | |
| Остальные эукариоты | 0 | |
| Археи | 3 | |
| Бактерии | 1476+1(отмечена отдельно) | |
| Вирусы | 0 | |
Домен PF00359 в большей степени распространен в бактериях, в животных он представлен в 13-ти видах, из которых 6 относятся к типу Хордовых(Chordata), а остальные к Членистоногим(Arthropoda), Нематодам(Nematoda) и т.д. К остальным эукариотам принадлежит один вид - Бактерия S5. В вирусах и грибах он не был найден.
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF00381
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | 3 |
| Грибы | 1 | |
| Животные | 0 | |
| Остальные эукариоты | 0 | |
| Археи | 6 | |
| Бактерии | 1590+1(отмечена отдельно) | |
| Вирусы | 0 | |
Домен PF00381 больше всего распространен среди бактерий, но не представлен среди животных и вирусов. Следует отметить, что bacterium S5 (грам-отрицательная бактерия, уменьшающая содержание солей селена) выделяют отдельно, а не в числе других бактерий.
4. Определение встречаемости доменов, представленных в заданном белке в разных белках Bacillus subtilis
| № | PFAM AC | PFAM ID | Bacillus subtilis |
| 1 | PF00359 | PTS_EIIA_2 | 10 |
| 2 | PF00381 | PTS-HPr | 5 |
Белков с точно такой же доменной организацией среди исследуемых доменов заданного белка нет, однако частота доменом в белках изучаемой бактерии невелика, вероятнее всего по причине достаточно большого размера домена(количества остатков, входящих в него)
5. Примеры разных доменных перестроек
Домен A6QCG9 (phosphoenolpyruvate-protein kinase) встречается в сочетании с разными доменами
и находится на N-конце последовательности
A6QCG9_SULNB:
Домен C0QKA9 (Desulfobacterium autotrophicum) встречается в сочетании с разными доменами
и находится в середине последовательности
C0QKA9_DESAH:
Домен P44715 (Haemophilus influenzae) встречается в сочетании с другим доменом
и образует дупликацию на С-конце последовательности
PTFAH_HAEIN:
Домен Q8XQE5 (Ralstonia solanacearum) встречается в сочетании с разными доменами
и находится между другими доменами ближе к N-концу последовательности
Q8XQE5_RALSO:
