| Во всех ли последовательностях нашелся? всего 10 |
Координаты в последовательности PTHP_BACSU | P-value PTHP_BACSU | Длина мотива | E-value мотива |
| во всех, кроме PTHP_MYCGE | 6-54 | 1.36e-50 | 49 | 8.7e-161 |
| во всех | 57-64 | 3.74e-24 | 29 | 7.8e-042 |
| только в двух: PTHP_TREPA и PTHP_MYCGE |
--- для PTHP_TREPA 1-8 для PTHP_MYCGE 37-44 |
--- для PTHP_TREPA и PTHP_MYCGE 1.2e-08 |
8 | 1.8e+005 |
Комментарий к изображению:
Мотив1: его границы в точности соответствуют длине фразы над
выравниванием, в котором соответственно исключается
последовательность белка PTHP_MYCGE
Мотив2: соответствующий блок выделяется набором оттенков
сиреневого цвета, их тон отражает процент
консервативности колонки: чем светлее, тем он меньше
Мотив3: соответствующий блок состоит всего из двух участков двух
последовательностей белков PTHP_TREPA и PTHP_MYCGE,
который отмечен оттенками зеленого цвета, роль тона такая
же, как и в выделении Мотива2
Сравнивая блоки частичных выравниваний, полученных с помощью двух программ: MEME и muscle, слудует отметить, что в выравнивании первой программой отсутствуют гэпы и в них нет последовательностей белков, обуславливающие их появление (Например. исключение PTHP_MYCGE), к тому же блоки значительно меньше, чем в частичном выравнивании с помощью muscle.
1) 168 последовательностях из 168, имевшихся в seed.fasta нашёлся каждый из мотивов
2) в скольких нашлись все мотивы?
все мотивы не встретились нигде,мотив 1 нашелся во всех, кроме двух, мотив2 дважды отмечен с первым, а мотив3 только раз и то один, правда есть случай с A3PSK5_MYCSJ/1-82, где не отмечен ни один мотив
3) соответствует ли выравнивание, взятое из Pfam, мотивам?
да, соответствует