Занятие 5. Банк EMBL

Банк EMBL

1. Знакомство со структурой банка EMBL посредством поисковой системы SRS

Последний проиндексированный 08-сентября-2011 в системе релиз (109) EMBL имеет 71833235 записей.

Cписок классов ("Data Class") банка EMBL

Values in EMBLRELEASE

Класс	Число записей
CON: Constructed sequence
EST: Expressed Sequence Tag
GRV: Genome Reviews
GSS: Genome Survey Sequence	32578894
HTC: High Throughput cDNA sequencing	533398
HTG: High Throughput Genome sequencing	145701
MGA: Mass Genome Annotation
PAT: Patent	22346593
SET: Project set (EMBL WGS Masters only)
STD: Standard	11737741
STS: Sequence Tagged Site	1322285
TSA: Transcriptome Shotgun Assembly	3168623
WGS: Whole Genome Shotgun

Записи следующих классов не проиндексированы в SRS: CON, EST, GRV, MGA, SET, WGS.

Cписок разделов ("Divisions") банка EMBL

Values in EMBLRELEASE

Класс	Русское название	Число записей
ENV: Environmental Samples	Образцы среды	6637887
FUN: Fungi	Грибы	2219095
HUM: Human	Человек	10687844
INV: Invertebrates	Беспозвоночные	5906093
MAM: Other Mammals	Другие млекопитающие	5765536
MUS: Mus musculus	Мышь домовая	4779883
PHG: Bacteriophage	Бактериофаги	8082
PLN: Plants	Растения	17132180
PRO: Prokaryotes	Прокариоты	1467025
ROD: Rodents	Грызуны	1265394
SYN: Synthetic	Синтетические последовательности	3632878
TGN: Transgenic	Трансгенные последовательности	265545
UNC: Unclassified	Неклассифицированные	7500493
VRL: Viruses	Вирусы	1177936
VRT: Other Vertebrates	Другие позвоночные	3387364

2. Описание гена APOM в записи банка EMBL

Hаправление гена относительно направления, выбранного для записи, обратное
Число кодирующих участков: 6
Длины первого и последнего кодирующих участков соответсвенно равны 114 и 26
Длины первого и последнего интронов между кодирующими участками соответственно равны 391 и 340

3. Нахождение белка по фрагменту гена

Cамый длинный кодирующий участок 287402..287556 (длиной 154) подаем программе blastx на странице http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ и находим в Swiss-Prot соответствующий белок
В результате поиска был найден белок O95445.2, участок 39-89 которого соответствует моему экзону 000000000000000

4. Ссылки из записи банка Swiss-Prot на записи банка EMBL

Таблица. Записи EMBL, в которых описан ген белка PTHP_BACSU

GEN OF PTHP_BACSU in EMBL

ID записи	Тип молекулы	Класс данных	Дата внесения в банк	Описание	Длина последовательности
X12832	genomic DNA	STD	04-OCT-1988	Bacillus subtilis ptsX, ptsH and ptsI genes for enzyme III-glucose (EC 2.7.1.69), Hpr protein and enzyme I (EC 2.7.3.9) of PEP:sugar phosphtransferase system	1,689
AL009126	genomic DNA	STD	18-JUL-2002	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 complete genome	4,215,606

Следует отметить, что для записей CAA31317.1 и CAB13263.1 не указаны даты внесения в банк, а длины их последовательностей одинаковы и значительно меньше по сравнению с записями X12832.1 и AL009126.3. Для всех записей характерен один и тот же тип молекул - genomic DNA и класс данных - STD.