Программы пакета BLAST
Занятие 6. Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями
1. Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный
Поиск гомологов белка PTHP_BACSU в геноме бактерии Paenibacillus polymyxa
| HOMOLOGS of PTHP_BACSU in Paenibacillus polymyxa |
|
| Число находок с E-value < 0,001 |
2 |
| E-value лучшей находки |
5e-17 |
| Название последовательности с лучшей находкой |
embl|CP002213|CP002213 |
| Координаты лучшей находки (от-до) |
210295 - 210525 |
| Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой |
88% |
2. Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN
Для данной последовательности с помощью интерфейса к программе BLASTN на сайте EBI было найдено:
а) B записи EMBL - EM_PRO:CP001891 Klebsiella variicola At-22, complete genome - присутствует данная последовательность;
б) Kоординаты заданной последовательности в записи: 1698417 - 1698596, причем она соответсвует самой записи;
в) B поле FT есть участок CDS 1698006..1699121, включающий данную последовательность, с прямым направлением
относительно записи заданной последовательности.
3. Поиск гомологов гена программой BLASTN
В результате поиска гомологов гена AL009126 1459384..1459650 в геноме бактерии Paenibacillus polymyxa программой BLASTN
было найдено 5 соответствующих участков, лучший из них:
| HOMOLOGS of E.coli in Paenibacillus polymyxa |
|
| E-value лучшей находки |
1.2 |
| Название геномной последовательности в файле с лучшей находкой |
embl|CP002213|CP002213 Paenibacillus polymyxa SC2 |
| Координаты лучшей находки в этой последовательности(от-до) |
664195-664177 |
Сравнивая полученные результаты с результатами поиска по последовательности белка, можно заметить следующее:
количество находок больше (11)
E-value ниже
длины соответствующих друг другу находок больше где-то в 2 раза
количество совпадений соответственно больше
©Андреянова Екатерина
| |