Геномные браузеры

Занятие 9. Геномные браузеры

1. EnsEMBL

В портале EnsEMBL был проведен поиск последовательности участка гена- экзона 287402..287556 для APOM в человеческом геноме. В ходе поиска были получены следующие данные:
на вход была дана последовательность длиной в 154 нуклеотида, для нее нашелся участок.

Пройдя по гиперссылке "Contig view", получили подробную визуализацию искомого участка в хромосоме 6.

А именно, данный на вход участок последовательности выделен красной рамкой и указаны другие гены, с которыми пересекается эта рамка (1) псевдогены, 2) объединенные Ensembl/Havana, 3) РНК гены, 4) обработанные транскрипты, 5) кодирующие транскрипты): помимо известного гена APOM (относится ко 2-му типу) данный участок можно найти, например, в гене Gene: PRRC2A, относящемуся ко 2-му типу, и пулучить информацию о нем.

На мой взгляд, полезной ссылкой является Downloads в основном интерфейсе, где даются советы и ссылки на сайты и программы с помощью которых можно извлекать и скачивать отдельные участки генов,хромосом, небольшие последовательности FASTA. Также ген можно найти просто по названию, что удобно. Модно ознакомиться с блогом, где много интересной информации, позволяет делиться новостями науки,своими исследованиями и открытиями по свему миру. На главной странице есть данные о последних релизах и новостях блога.

2. Другие геномные браузеры

1) NCBI: структура достаточно точная и понятная, прийти к нужным результатам можно, следуя по стандартной схеме.
2) UCSC: большое количество информации, даже чересчур, много разнообразных ссылок, но зато можно найти, наверное, любую полезную информацию.
3) Vega: в базе данных только позвоночные животные, скорее всего в таком браузере было бы удобно работать с геномом человека. Сайт достаточно компактный, всего в меру: и ссылок, и текста, и другой дополнительной информации.