Gene Ontology
Занятие 5 - 6. Gene Ontology
Описание функции белка PTHP с помощью аннотации Gene Ontology
По АС моего белка - P08877 на странице QuickGO на сайте EBI были найдены
гиперссылки на странички с описанием терминов, на основании которых была
описана функция моего белка
Описание функции белка PTHP_BACSU в соответствии с GO-аннотацией |
|
|
Онтология GO |
Количество разных ассоциированных терминов GO |
Функция белка |
Где? |
Cellular Component |
1 |
Выполнение роли цитоплазмы, состоящей из всех компонентов клетки,
исключая плазму мембраны и ядро, но включая другие субклеточные структуры |
Зачем, для чего? |
Biological Process |
2 |
Осуществление транспорта, направленного движения таких веществ,
как макромолекулы, маленькие молекулы, ионы, например, углеводов
с общей формулой Сх(Н2О)у, в клетку, из клетки
и внутри нее, или же внутри многоклеточного организма в целом с
помощью какого-либо агента-транспортера или через пору |
Молекулярный механизм? |
Biological Process
Molecular Function |
6 |
Участие в фосфоенолпируват-зависимой фосфотрансферазной системе,
связывающей поглощение и фосфорилирование углеводов из внеклеточной
среды, в катализе передачи фосфорсодержащих или других групп
(фосфатной группы, как правило, из АТФ молекуле субстрата,
а также метильной, ацильной, гликозильной групп) с одной
стороны мембраны на другую обычно с образованием фосфорных эфиров,
ангидридов или амидов; участие в синтезе РНК по матрице ДНК |
Специфичность? |
Biological Process |
1 |
Контроль и регуляция частоты, скорости, направления клеточной ДНК-
зависимой, ген-специфической транскрипции |
Описание 3-х терминов GO, ассоциированных с белком PTHP_BACSU
Были выбраны три наиболее содержательных термина GO, ассоциированных с изучаемым белком,
для которых получены описания выбранных терминов на главном сайте консорциума Gene Ontology:
|
|
GO ID выбранного термина |
Список синонимов |
Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи |
Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи |
GO:0009401
граф родительских терминов |
PTS system |
GO:0008150 - part_of (inferred) biological_process
GO:0051179 - part_of (inferred) localization
GO:0051234 - is_a (inferred) establishment of localization
GO:0006810 - is_a (inferred) transport
GO:0071702 - is_a (inferred) organic substance transport
GO:0008643 - is_a (inferred) carbohydrate transport |
нет дочерних терминов |
GO:0005351
граф родительских терминов |
cation/sugar symporter activity
GO:0005403
hydrogen:sugar symporter activity
hydrogen:sugar transporter activity
proton:sugar symporter activity
sugar porter activity
sugar transporter
sugar:hydrogen ion symporter activity |
GO:0003674 - is_a (inferred) molecular_function
GO:0005215 - is_a (inferred) transporter activity
GO:0022857 - is_a (inferred) transmembrane transporter activity
GO:0022804 - is_a (inferred) active transmembrane transporter activity
GO:0022892 - is_a (inferred) substrate-specific transporter activity
GO:0015075 - is_a (inferred) ion transmembrane transporter activity
GO:0015291 - is_a (inferred) secondary active transmembrane transporter activity
GO:0022891 - is_a (inferred) substrate-specific transmembrane transporter activity
GO:0015144 - is_a (inferred) carbohydrate transmembrane transporter activity
GO:0008324 - is_a (inferred) cation transmembrane transporter activity
GO:0015293 - is_a (inferred) symporter activity
GO:0015294 - is_a (inferred) solute:cation symporter activity
GO:0051119 - is_a (inferred) sugar transmembrane transporter activity
GO:0005402 - is_a cation:sugar symporter activity
GO:0015295 - is_a solute:hydrogen symporter activity |
GO:0015523 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015518 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015519 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0009679 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015539 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015528 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0005364 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015529 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015538 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0008506 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015542 - is_a sugar:hydrogen symporter activity |
GO:0005737
граф родительских терминов |
нет |
GO:0005575 - part_of (inferred) cellular_component
GO:0005623 - part_of (inferred) cell
GO:0044464 - part_of (inferred) cell part
GO:0005622 - part_of (inferred) intracellular
GO:0044424 - is_a intracellular part |
GO:0044444 - part_of cytoplasm
GO:0045495 - is_a cytoplasm
GO:0016528 - is_a cytoplasm |
Описание протеома бактерии Lactobacillus crispatus, полный геном которой
секвенирован и аннотирован, полученное с помощью терминов GO
- число белков протеома - 2,003 (в Uniprot и в SRS одинаковое число белков, но на один отличается от указанного числа в EBI)
- 100% белков приписан хоть один термин GO;
- термины из словаря функций встречаются чаще:

- несколько самых часто (больше 50-ти раз) встречающихся терминов из каждого словаря:
C: GO:0016021, GO:0005737, GO:0005886;
F: GO:0005524, GO:0003677, GO:0016787;
P: GO:0006412, GO:0006508;
- одному и тому же белку могут соответствовать несколько терминов GO, которые
в свою очередь могут также соответствовать и другим белкам; действительно
самыми многочисленными являются белки с функциональным типом словаря.
Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией
Таксон - Корова, лат. Bos taurus , англ. domestic cow ,
ранг - species/ вид, NCBI_TaxID - 9913, еще несколько синонимов:
domestic cattle, Bos primigenius taurus, из парнокопытного жвачного
животного семейства полорогих (Bovidae), стандартное название в Genbank -
cattle, blast name: even-toed ungulates.
Функция - биосинтез липидов, англ. lipid biosynthesis.
Выбранный идентификатор - GO:0008610, словарь - Biological Process, количество находок в SRS - 6.
Файл с fasta-последовательностями
©Андреянова Екатерина
|