Gene Ontology




Занятие 5 - 6. Gene Ontology

Описание функции белка PTHP с помощью аннотации Gene Ontology

По АС моего белка - P08877 на странице QuickGO на сайте EBI были найдены гиперссылки на странички с описанием терминов, на основании которых была описана функция моего белка

Описание функции белка PTHP_BACSU в соответствии с GO-аннотацией
Онтология GO Количество разных ассоциированных
терминов GO
Функция белка

Где?

Cellular Component

1

Выполнение роли цитоплазмы, состоящей из всех компонентов клетки, исключая плазму мембраны и ядро, но включая другие субклеточные структуры

Зачем, для чего?

Biological Process

2

Осуществление транспорта, направленного движения таких веществ, как макромолекулы, маленькие молекулы, ионы, например, углеводов с общей формулой Сх(Н2О)у, в клетку, из клетки и внутри нее, или же внутри многоклеточного организма в целом с помощью какого-либо агента-транспортера или через пору

Молекулярный механизм?

Biological Process

Molecular Function

6

Участие в фосфоенолпируват-зависимой фосфотрансферазной системе, связывающей поглощение и фосфорилирование углеводов из внеклеточной среды, в катализе передачи фосфорсодержащих или других групп (фосфатной группы, как правило, из АТФ молекуле субстрата, а также метильной, ацильной, гликозильной групп) с одной стороны мембраны на другую обычно с образованием фосфорных эфиров, ангидридов или амидов; участие в синтезе РНК по матрице ДНК

Специфичность?

Biological Process

1

Контроль и регуляция частоты, скорости, направления клеточной ДНК- зависимой, ген-специфической транскрипции


Описание 3-х терминов GO, ассоциированных с белком PTHP_BACSU

Были выбраны три наиболее содержательных термина GO, ассоциированных с изучаемым белком, для которых получены описания выбранных терминов на главном сайте консорциума Gene Ontology:

Описание терминов GO
GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO
с указанием типа связи
Список ближайших дочерних терминов GO
с указанием типа связи

GO:0009401
граф родительских терминов

PTS system

GO:0008150 - part_of (inferred) biological_process
GO:0051179 - part_of (inferred) localization
GO:0051234 - is_a (inferred) establishment of localization
GO:0006810 - is_a (inferred) transport
GO:0071702 - is_a (inferred) organic substance transport
GO:0008643 - is_a (inferred) carbohydrate transport

нет дочерних терминов

GO:0005351
граф родительских терминов

cation/sugar symporter activity
GO:0005403
hydrogen:sugar symporter activity
hydrogen:sugar transporter activity
proton:sugar symporter activity
sugar porter activity
sugar transporter
sugar:hydrogen ion symporter activity

GO:0003674 - is_a (inferred) molecular_function
GO:0005215 - is_a (inferred) transporter activity
GO:0022857 - is_a (inferred) transmembrane transporter activity
GO:0022804 - is_a (inferred) active transmembrane transporter activity
GO:0022892 - is_a (inferred) substrate-specific transporter activity
GO:0015075 - is_a (inferred) ion transmembrane transporter activity
GO:0015291 - is_a (inferred) secondary active transmembrane transporter activity
GO:0022891 - is_a (inferred) substrate-specific transmembrane transporter activity
GO:0015144 - is_a (inferred) carbohydrate transmembrane transporter activity
GO:0008324 - is_a (inferred) cation transmembrane transporter activity
GO:0015293 - is_a (inferred) symporter activity
GO:0015294 - is_a (inferred) solute:cation symporter activity
GO:0051119 - is_a (inferred) sugar transmembrane transporter activity
GO:0005402 - is_a cation:sugar symporter activity
GO:0015295 - is_a solute:hydrogen symporter activity

GO:0015523 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015518 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015519 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0009679 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015539 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015528 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0005364 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015529 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015538 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0008506 - is_a sugar:hydrogen symporter activity
GO:0015542 - is_a sugar:hydrogen symporter activity

GO:0005737
граф родительских терминов

нет

GO:0005575 - part_of (inferred) cellular_component
GO:0005623 - part_of (inferred) cell
GO:0044464 - part_of (inferred) cell part
GO:0005622 - part_of (inferred) intracellular
GO:0044424 - is_a intracellular part

GO:0044444 - part_of cytoplasm
GO:0045495 - is_a cytoplasm
GO:0016528 - is_a cytoplasm


Описание протеома бактерии Lactobacillus crispatus, полный геном которой секвенирован и аннотирован, полученное с помощью терминов GO

Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

Таксон - Корова, лат. Bos taurus , англ. domestic cow , ранг - species/ вид, NCBI_TaxID - 9913, еще несколько синонимов: domestic cattle, Bos primigenius taurus, из парнокопытного жвачного животного семейства полорогих (Bovidae), стандартное название в Genbank - cattle, blast name: even-toed ungulates.
Функция - биосинтез липидов, англ. lipid biosynthesis.
Выбранный идентификатор - GO:0008610, словарь - Biological Process, количество находок в SRS - 6.
Файл с fasta-последовательностями


©Андреянова Екатерина