Классификация ферментов (EC)

Занятие 7. Классификация ферментов (EC)

Сбор информации о ферменте SUOX_HUMAN

ЕС-код = 1.8.3.1

Расшифровка ЕС-кода

Enzyme Commission number	Значение (англ.версия)	Значение (русская версия)
EC 1 (класс)	Oxidoreductases	Оксидоредуктазы (катализ переноса атомов Н и О или электронов с одного субстрата на другой)
EC 1.8 (подкласс)	Acting on a sulfur group of donors	Активность с сульфогруппой в качестве донора
EC 1.8.3 (подподкласс)	With oxygen as acceptor	с кислородом в качестве акцептора
EC 1.8.3.1 (порядковый номер)	Sulfite oxidase	Оксидаза сульфогруппы

Схема реакции, катализируемой ферментом SUOX_HUMAN:
sulfite + O2 + H2O = sulfate + H2O2

Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями

С помощью SRS был подучен список всех белков мыши ( Mus musculus ) из Swiss-Prot с таким же классом в классификации ЕС, как и у фермента SUOX_HUMAN.
В результате было найдено 540 белков, из них 25 совпадает с моим ферментом по подклассу ЕС, из которых 6 - еще и по третьему числу и только у одного совпадает вся классификация.

С помощью программы blastp с порогом по e-value, равным 10, было найдено 7 белков, из которых большинство имеют гомологичные участки в 70 - 80 ак с процентом идентичности порядка 30 - 35% с среднем. Поэтому белков, которые можно считать достоверными гомологами моему ферменту SUOX_HUMAN, определить сложно.

Самой лучшей находкой является SUOX_MOUSE с процентом идентичности 86% и длиной последовательности, на одну ак больше, к тому же это единственный белок с полностью совпадающей с моим белком классификацией по ЕС (=1.8.3.1).
Насколько сохраняется функция (т.е. подкласс, подподкласс и порядковый номер EC) в зависимости от позиции находки в выдаче blastp, а также белки со сходной классификацией по ЕС (по определенному номеру) отражены в следующей таблице на двух листах: