dna form

A- и B-формы ДНК

1.

Здесь можно найти файлы с А- и В-формами дуплекса ДНК,последовательность одной из нитей которого-4 раза повторенная последовательность "gatc": gatc_a.pdb и gatc_b.pdb

2.

	A-форма	B-форма	Файл dnaN.pdb
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	правая
Шаг спирали (Å)	28,02	33,75	26,65
Число оснований на виток	12	11	12
Ширина большой бороздки	7.98	17.20	9.18
Ширина малой бороздки	16.8	11.69	15.86

3.

В последней колонке таблицы предыдущего пункта можно увидеть данные,полученные из файла:dna18.pdb Расстояния измерялись в RasMol с помощью Pick Ident. Все расстояния измерялись по атомам фосфора. Визуально ДНК из этого файла напоминает А-форму. Из-за характерного отверстия посередине,если смотреть с торца. Это также подтверждается числом оснований на виток, и шириной малой и большой бороздок.

4.

С помощью команд find_pair -t XXXX.pdb stdout | analyze где XXXX.pdb - соответственно gatc-a.pdb, gatc-b.pdb, и dna18.pdb, были получены файлы с расширением .out. В этих файлах можно найти информацию о торсионных углах

торсионные углы для gatc-a.pdb (А-форма ДНК)

Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G --- 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
2 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
3 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
4 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
5 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
6 A -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
7 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
8 C -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.0 -157.2
9 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
10 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
11 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
12 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.7 -75.1 -157.2
13 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
14 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
15 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
16 C -51.7 174.8 41.7 79.1 --- --- -157.2

торсионные углы для gatc-b.pdb (В-форма ДНК)

Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G --- 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
2 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
3 T -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
4 C -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
5 G -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
6 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
7 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
8 C -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
9 G -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
10 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
11 T -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
12 C -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
13 G -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
14 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
15 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
16 C -29.9 136.4 31.1 143.4 --- --- -98.0

торсионные углы для dna18.pdb (мой кусок ДНК)

Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 C --- --- 30.1 82.9 -172.3 -62.3 -162.4
2 G -61.7 -170.9 45.3 82.7 -167.7 -57.5 -156.5
3 C -94.9 -169.0 75.9 76.4 -116.1 -106.2 -162.3
4 G -59.7 135.1 64.5 68.8 -155.3 -72.5 -165.4
5 A -73.6 176.8 75.8 71.4 -135.9 -89.8 -172.6
6 A -43.1 157.2 45.0 78.9 -139.1 -83.4 -151.0
7 U -71.2 158.0 71.5 82.9 -134.7 -94.8 -169.3
8 U -28.5 163.2 30.5 73.5 -137.7 -76.1 -154.9
9 A -91.2 157.3 73.3 72.1 -149.4 -72.1 -165.5
10 G -70.6 168.7 70.5 81.4 -142.3 -84.2 -167.8
11 C -52.0 164.7 46.8 79.6 -154.2 -78.3 -156.0
12 G -49.2 171.6 39.7 76.7 --- --- -156.9

Сравнивая торсионные углы А-и В-форм ДНК можно заметить,что углы gamma и epsilon достаточно сильно похожи по значениям,тогда как все остальные довольно четко различаются. Теперь посмотрим на торсионные углы ДНК из файла dna18.pdb: судя по ним с большой долей вероятности это именно А-форма ДНК.

5.

Следующие команды были применены для получения изображений с помощью команды pdb2img:
а) для поворота молекулы:
rotate_mol -b gatc_a.pdb gatc_a2.pdb
rotate_mol -b gatc_b.pdb gatc_b2.pdb
rotate_mol -b dna18.pdb dna182.pdb
б) для получения изображений:
pdb2img -c gatc_a.pdb gatc_a.ps
pdb2img -c gatc_a2.pdb gatc_a2.ps
pdb2img -c gatc_b.pdb gatc_b.ps
pdb2img -c gatc2_b2.pdb gatc_b2.ps
pdb2img -c dna18.pdb dna18.ps
pdb2img -c dna182.pdb dna182.ps
Затем изображения были конверированы в формат JPEG:

А-форма ДНК с торца:

А-форма ДНК сбоку:

В-форма ДНК с торца:

B-форма ДНК сбоку:

> Мой кусок ДНК из файла dna18.pdb сбоку:

Видимо в файле dna18.pdb что-то не так с координатами, потому что изначально она отображается сбоку и при использовании rotate_mol не поворачивается торцом.

вернуться на главную