SEQRES 1 A 76 G C G G A U U U A 2MG C U C |
В цепи РНК обнаружилось довольно много модифицированных оснований. Вот их названия(данные взяты в поле MODRES
pdb-файла. В этом поле помимо названий модифицированных оснований указаны их позиции и,видимо, какие
основания в основе модифицированных.):
2MG A 10 G 2N-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE |
Цепь пронумерована с 1 по 76 позиции. Нет пропусков или вставок.
С помощью команды save pdb в RasMol я сохранила только одну цепь А. Проанализировав ее с помощью программы find_pare можно найти четыре спирали и 6 пар отдельных комплементарных оснований, которые программа включила в состав спиралей. 1-7, 72-66 1 (0.018) A:...1_:[..G]G-----C[..C]:..72_:A (0.020) 2 (0.022) A:...2_:[..C]C-----G[..G]:..71_:A (0.016) 3 (0.018) A:...3_:[..G]G-----C[..C]:..70_:A (0.019) 4 (0.019) A:...4_:[..G]G-*---U[..U]:..69_:A (0.024) 5 (0.021) A:...5_:[..A]A-----U[..U]:..68_:A (0.028) 6 (0.031) A:...6_:[..U]U-----A[..A]:..67_:A (0.022) 7 (0.029) A:...7_:[..U]Ux----A[..A]:..66_:A (0.021) 49-54, 58-65 8 (0.019) A:..49_:[5MC]c-----G[..G]:..65_:A (0.019) 9 (0.028) A:..50_:[..U]U-----A[..A]:..64_:A (0.019) 10 (0.018) A:..51_:[..G]G-----C[..C]:..63_:A (0.023) 11 (0.027) A:..52_:[..U]U-----A[..A]:..62_:A (0.020) 12 (0.015) A:..53_:[..G]G----xC[..C]:..61_:A (0.021) отдельные пары: 13 (0.028) A:..54_:[5MU]u-**-xa[1MA]:..58_:A (0.019) 14 (0.017) A:..55_:[PSU]Px**+xG[..G]:..18_:A (0.020) 15 (0.020) A:..36_:[..A]Ax*---U[..U]:..33_:A (0.029) 26-32, 38-44 16 (0.020) A:..38_:[..A]A-*---c[OMC]:..32_:A (0.022) 17 (0.017) A:..39_:[PSU]P-*---A[..A]:..31_:A (0.021) 18 (0.021) A:..40_:[5MC]c-----G[..G]:..30_:A (0.019) 19 (0.030) A:..41_:[..U]U-----A[..A]:..29_:A (0.020) 20 (0.017) A:..42_:[..G]G-----C[..C]:..28_:A (0.021) 21 (0.018) A:..43_:[..G]G-----C[..C]:..27_:A (0.021) 22 (0.021) A:..44_:[..A]Ax*---g[M2G]:..26_:A (0.020) 10-13, 22-25 23 (0.020) A:..10_:[2MG]g-----C[..C]:..25_:A (0.024) 24 (0.025) A:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:A (0.016) 25 (0.027) A:..12_:[..U]U-----A[..A]:..23_:A (0.021) 26 (0.021) A:..13_:[..C]C----xG[..G]:..22_:A (0.017) отдельные пары: 27 (0.018) A:..14_:[..A]A-**-xU[..U]:...8_:A (0.026) 28 (0.018) A:..15_:[..G]Gx**+xC[..C]:..48_:A (0.024) 29 (0.018) A:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:A (0.019)GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA
5.
При изучении структуры в RasMol я нашла такое внеспиральное стекинг-взаимодействие:
здесь изображены основания: G1 и A73
И такое не Уотсон-Криковское взаимодействие:
1.пара нуклеотидов G-U
Рассматривая спирали РНК в RasMol основываясь на визуальных наблюдениях можно сказать,что спирали больше похожи на А-форму ДНК( с торца отчетливо видно отверстие).Кроме того,если воспользоватсья программой find_pare, и сравнить торсионные углы, то спирали РНК похожи именно на А-форму.
6.
С помощью программы einverted были найдены два инвертированных повтора. Нашлись они только после изменения параметра "Minimum score threshold" до 10. Это может быть связано с тем, что программа einverted использует только поданую ей на вход последовательность нуклеотидов, не учитывая особенности строения молекулы тРНК.
1FCW_A: Score 16: 8/10 ( 80%) matches, 0 gaps
22 gagcgccaga 31
|| | |||||
48 ctggaggtct 39
1FCW_A: Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps
49 ctgtg 53
|||||
65 gacac 61
|
(команда mfold SEQ=probe.fasta P=15)
