Занятие 2. Банк EMBL

  1. Сравнение разных записей в EMBL 

    2. Белок PYRB_ECOLI.

    Идентификатор записи EMBL Тип молекулы
    Класс данных
    Раздел EMBL
    		 Дата создания
    документа
    Описание
    Длина последовательности
     AP009048  genomic  STD  PRO  22-JAN-2006  Escherichia coli W3110 DNA, complete genome  4646332
     J01670  genomic  STD  PRO  05-APR-1993  E.coli pyrBI operon coding for aspartate transcarbamoylase catalytic and regulatory chains.  1593
     K01472  genomic  STD  PRO  13-JUN-1985  E.coli pyrBI operon encoding aspartate transcarbamoylase (ATCase).  1410
     M10743  genomic  STD  PRO  02-JUL-1986  E.coli pyrBI operon promoter-regulatory region including leader peptide and 5' end of pyrB gene coding for the catalytic subunit of aspartate transcarbamoylase (ATCase).  780
     M60508  genomic  STD  PRO  21-JUL-1991  E.coli aspartate transcarbamylase (pyrBI) operon promoter region, leader peptide, complete cds, and catalytic subunit, 5' end of cds.  472
     U00096  genomic  STD  PRO  23-FEB-2006  Escherichia coli K12 MG1655, complete genome.  4639675
     U14003  genomic  STD  PRO  30-NOV-1994  Escherichia coli K-12 chromosomal region from 92.8 to 00.1 minutes.  338534

    В полученных записях можно найти две записи полного генома кишечной палочки двух разных штаммов. Кроме того два оперона, две части оперона,содержащие регуляторные последовательности, и фрагмент генома.

  2. Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

    3. Последовательности, кодирующие белок PyrB_Ecoli в двух записях банка EMBL

      I II
    ID записи  M10743  M60508
    Начало гена в записи  619  419
    Конец гена в записи  >780  >472
    Направление гена  прямое  прямое
    Примечания*  product="aspartate transcarbamylase catalytic subunit"  product="aspartate transcarbamylase catalytic subunit"

    Identity сравнения двух последовательностей получилось совсем небольшим(33,3%) Но это вполне объяснимо т.к. первая последовательность(M10743) больше. Результаты сравнения можно посмотреть здесь: gene1_gene2

  3. Знакомство с записью гена из эукариотического генома

    4. Ген "gene+108" на прямой цепи:

    --[238465-238530]--[240087-240192]--[244926-245219]--[250021-250137]--
--[250534-250698]--[251922-252052]--[252631-252763]--[252962-253091]--[253800-253940]--
[254238-254313]--[254554-254709]--[255152-255254]--[255349-255549]--[256047-256138]-->

    общее число экзонов в гене: 14.

вернуться на главную

©Пономарева Ольга