Исследование белок-нуклеиновых контактов

1.

2.

В тексте полученных структур необходимые атомы называются так:
основания в цепях ДНК называютя dc,dg,da,dt.
атомы остатка сахара -- C1',C2',C3',C4',O4'.
атомы фосфорной кислоты -- OP1,OP2,P.
атомы азотистых оснований -- C2,N3,C4,N4,C5,C6,N1,O2.(для C)
После запуска скрипта dna.def, были выделены множества:
 base - все атомы оснований ДНК (эквивалентно dna and not backbone);
 mjg - атомы оснований ДНК, обращённые в большую бороздку ("major groove");
 mig - атомы оснований ДНК, обращённые в малую бороздку ("minor groove"). 

Далее были определены множества полярных и неполярных атомов ДНК. 
полярные: атомы кислорода и азота. Для 2'-дезоксирибозы: "*.О?" 
Для полярных атомов остатков фосфорной кислоты: "*.ОР?"
Для полярных атомов азотистых оснований, обращенных в большую бороздку: (oxygen,nitrogen) and mjg 
Для полярных атомов азотистых оснований, обращенных в малую бороздку: (oxygen,nitrogen) and mig

неполярные:атомы углерода. 
Для 2'-дезоксирибозы: " *.C?* "
Для неполярных атомов бороздки: "carbon and..."
Расстояния при поиске полярных контактов были взяты 3,5 A, при поиске неполярных - 4,5 A. 
Полярные взаимодействия атомов белка с ДНК: spacefill 200
Гидрофобные взаимодействия атомов белка с ДНК: spacefill 300
Скрипт: script.spt
Результаты в таблице (велся поиск суммарного числа контактов для всей структуры):

	Полярные	Неполярные	Всего
Контакты белка с ...
... остатками 2'-дезоксирибозы	3	29	32
... остатками фосфорной кислоты	31	37	68
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	14	23	37
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

Количество неполярных контактов с белком превышает количество полярных взаимодействий. Остатки 
азотистых оснований со стороны большой бороздки, видимо, играют важную роль в образовании 
водородных связей. Впрочем, как и в гидрофобных контактах с белком. 
Остатки же азотистых оснований со стороны малой бороздки не образуют контактов с белком.

3.

На этом рисунке показан контакт гистидина 906 и гуанина 313.
 



4.

C помощью Uniprot были найдены следующие сведения о заданном белке: 
Название - MYC_HUMAN 
АС в UniProt -P01106; P01107; Q14026; 
Относится к семейству HLH(PF00010). Это структура ДНК-связывающих доменов через мотив "спираль-петля-спираль"
(helix-loop-helix). Базовые "спираль-петля-спираль" белки - это группа эукариотических факторов транскрипции,
которые определяют пути развития. Этот фактор транскрипции, известный как сильно 
эволюционно консервативный bHLH домен, который играет роль в образовании специфичного димера.
 Они облегчают переход из неактивных мономеров в транс-активыне димеры на нужной стадии развития. 
Выравнивания Pfam

Здесь можно увидеть, что рассмотренный специфический контакт( в задании 3), является консервативным. 
Координаты,указанные в выравнивании не совпадают с теми номерами позиций белков, которые есть в файле pdb.
Но здесь можно найти как именно была изменена нумерация.
5.
С помощью программы nucplot  были получены следующие изображения.











Изображения подтверждают предположение о контакте, указанном выше. 









вернуться на главную 

©Пономарева Ольга