Филогенетические деревья

Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа

Этапы работы: 

Программой fseqboot созданы 100 бутстреп-реплик выравнивания: 
fseqboot leaves.fasta -auto 
Поданы полученные 100 выравниваний на вход программе fdnaml. 
Запущена программа fconsense. В выходной файл помещены результаты бутстреп-анализа:leaves.txt


                +-------------Leave D
         +100.0-|
         |      |      +------Leave E
         |      +-98.0-|
  +------|             +------Leave F
  |      |
  |      |             +------Leave C
  |      +--------45.0-|
  |                    +------Leave A
  |
  +---------------------------Leave B


В полученном консенсусном дереве две ветви встречались в 100 и 98 случаях.
 Эти ветви встречались и в исходном дереве. Что касается остальной части дерева, то там не совсем совпадает топология
с реальным, и количество деревьев, в которых присутствовала "спорная" ветвь, невелико(45).

Species in order: 

  1. Leave B
  2. Leave C
  3. Leave D
  4. Leave F
  5. Leave E
  6. Leave A


Sets included in the consensus tree

Set (species in order)     How many times out of  100.00

..***.                     100.00
...**.                     98.00
.*...*                     45.00


Sets NOT included in consensus tree:

Set (species in order)     How many times out of  100.00

.****.                     31.00
..****                     24.00
..*.*.                      2.00

Бутстреп-значение ветви, отделяющей кластер AB исходного дерева всего лишь 31. 

Здесь приведена топология исходного дерева и консенсусного соответственно:

A	B	C	D	E	F
.	.	*	*	*	*
.	.	.	*	*	*
.	.	.	.	*	*


A	B	C	D	E	F
*	.	*	.	.	.
.	.	.	*	*	*
.	.	.	.	*	*

Вывод: все ветви кроме одной можно считать достоверными. 

Изображение филогенетического дерева в графическом формате
с помощью программы fdrawtree было создано по скобочной структуре графическое изображение дерева. 
Данная программа визуализирует деревья как неукорененные. На выходе получается изображение неукорененного
дерева с длинами ветвей пропорциональными эволюционным расстояниям.







вернуться на страницу четвертого семестра 




©Пономарева Ольга