На главную

Результаты поиска информации в базе данных Uniprot

1. Некоторые данные о белке Metallo-beta-lactamase type 2
организма Klebsiella pneumoniae
Uniprot ID BLAN1_KLEPN
Uniprot AC C7C422
Refseq ID WP_004201164.1 (old YP_008110724)
PDB ID 4EXS
длина (AA) 270
молекулярная масса (Da) 28499
рекомендуемое Unirpot название Metallo-beta-lactamase type 2

2. Результаты поиска кластеров UniProt
для белка Metallo-beta-lactamase type 2
Тип кластера Описание кластера Идентификатор кластера Количество
совпадений
Примеры организмов
Uniref100 Объединяет идентичные
последовательности и суб-фрагменты
с минимум 11 остатками
из разных организмов.
UniRef100_C7C422 314 Acinetobacter pittii
Escherichia coli
Providencia rettgeri
Uniref90 Объединяет последовательности,
минимум на 90% идентичные
и на 80% перекрывающиеся
с самой длинной
последовательностью в кластере.
UniRef90_C7C422 406 Acinetobacter lwoffii
Providencia rettgeri
Pseudomonas putida
Uniref50 Объединяет последовательности,
минимум на 50% идентичные
и на 80% перекрывающиеся
с самой длинной
последовательностью в кластере.
UniRef50_C7C422 407 Acinetobacter calcoaceticus
Enterobacter hormaechei
Escherichia coli

Все последовательности, попадающие в кластер Uniref100, попадают также в кластеры Uniref90 и тем более Uniref50: чем меньше количество требуемых совпадений, тем больше белков попадает в кластер. Поэтому наибольшее количество последовательностей содержится в Uniref50, а наименьшее - в Uniref100.

3. Поиск в Uniprot

Описание Запрос Результат
По рекомендованному названию организма name:"metallo beta lactamase type 2" Reviewed 15 - Unreviewed 5
по названию и семейству taxonomy:enterobacteriaceae
name:"metallo beta lactamase type 2"
Reviewed 2
по названию и отделу taxonomy:proteobacteria
name:"metallo beta lactamase type 2"
Reviewed 3 - Unreviewed 4
Трипсин name:trypsin Reviewed 301 - Unreviewed 11008
Ингибитор трипсина name:trypsin name:inhibitor Reviewed 203 - Unreviewed 2355
Аннонсированный ингибитор трипсина name:trypsin annotation:(type:function inhibitor) Reviewed 70
Актин name:actin Reviewed 1119 - Unreviewed 44367
Актин&Членистоногие name:actin taxonomy:arthropoda Reviewed 59 - Unreviewed 4866
Актин&Инфузории name:actin taxonomy:ciliate Reviewed 3 - Unreviewed 47

© Екатерина Посицельская, 2015