На главную

Выравнивание последовательностей

Практикум 9: Изображение выравниваний

Поочередным исключением последовательностей были получены шесть выравниваний. При исключении B4R0L1_DROSI и F6GDD7_LACS5 получаются выравнивания со схожими количествами консервативных позиций, однако при исключении F6GDD7_LACS5 значительно больше гэпов. Остальные четыре варианта (без A0A0C5WMF1_9GAMM, B8J2I4_DESDA, I3R784_HALMT или D8MWG5_ERWBE) значительно хуже первых двух по обоим параметрам.

Итого, исключаем белок с идентификатором B4R0L1_DROSI.

При рассмотрении функций данных белков наблюдается аналогичная картина.

Выравнивание выбранных пяти последовательностей в раскраске BLOSUM62 с порогом по консервативности 30%

 
 
tr|F6GDD7|F6GDD7_LACS5/1-113tr|B8J2I4|B8J2I4_DESDA/1-130tr|I3R784|I3R784_HALMT/1-126tr|A0A0C5WMF1|A0A0C5WMF1_9GAMM/1-131tr|D8MWG5|D8MWG5_ERWBE/1-128ConservationQualityConsensus
102030405060708090100110120130MKKVEAIIRKSKFSVVQEALQSVGVNFFTHWDVISIDNENQDVL------DLISSEANKENSKKCYL--SIIVNDDFKA------VTIKAILESA----STGAIGDGRIF---ISTIDEAYKIRTKEKGKKTLR-----MSSYTLPEDRSYTDEHIWLREDAQGLT-----VGISDFAQAQLEEVVYVDMPAVGSAVEAGKEFGSVESMKSVSALFSPVSGVVEAVNTDLENKPDLVNSDCYGQGWILRLRREGDNAV-PLLSAEEYRTHLKSQA----MFEIPDDRKYLESHEWTTTEGDTVR-----IGISDFAQDELGDVVFVELPTEGDELDAGDEFGVVESIKAVSDLYAPISGTVTAVNEALFDAPELVNDDPYGDGWMFEMEPSDTDEFDDLLSPEEYREQTE-------MSYIPSELKFTNTHEWVRHEGDGIFT----VGITDHAQSLLGDMVFVDLPEIDAATEAGEDCAVAESVKAASDIYAPLSGFVIAINEDLEGSPELVNSDPYGDGWLFQLKVEDDGEFADLLDADSYSDLVDEDSD---MSNVPNELKYRDSHEWVRKEADGTYT----VGITEHAQELLGDMVFVDLPDVGNTYSQGDDCAVAESVKAASDIYAPISGEIIEVNSALDGEPELVNSAPYAEGWLFKIKASNESELDSLLDADAYKGSIDE------53396563593436566734+4754-----98*7747*44*0313239964345436686686523*866675868223302449643*453232397577+7*698112265454602+57393653266---- M++MS+IP+++KYTDSHEW+R+EGDG+FTHWDVVGI+D+AQDLLGD+VFVDLP+VGAA+EAG++C+V+ES+KA+SD+YAPISG+VIAVNE+LEGAPELVNSDPYGDGW+F+LK+SDDDEFDDLL+AEEY+++LDE++D

Выравнивания выбранных пяти последовательностей, в форматах FASTA и MSF.

Ссылка на проект JalView с тремя окнами - с выравниванием шести данных последовательностей и с выравниванием пяти выбранных последовательностей в раскрасках BLOSUM62 и ClustalX (порог по консервативности - 30%).


© Екатерина Посицельская, 2016