EMBOSS и сравнение геномов

Применение EMBOSS

1. Задача: несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл
   Вход: file1.fasta, file2.fasta, file3.fasta, listfile.txt
   Команда: seqret @listfile.txt task1.fasta
   Выход: task1.fasta
2. Задача: несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл
   Вход: task1.fasta
   Команда: seqretsplit task1.fasta -auto
   Выход: amo_kleok.fasta, mtnd_kleox.fasta, ddrfa_kleok.fasta
3. Задача: из файла с хромосомой в формате .gb вырезать три кодирующих последовательности по указанным координатам "от", "до", "ориентация" и сохранить в одном fasta файле
   Вход: sequence.gb
   Команда: seqret @listfile1.txt task3.fasta
   Выход: task3.fasta
4. Задача: транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода. Результат - в одном fasta файле
   Вход: task3.fasta
   Команда: transeq task3.fasta task4.fasta -table 11 -auto
   Выход: task4.fasta
5. Задача: транслировать данную нуклеотидную последовательность в шести рамках
   Вход: task3.fasta
   Команда: transeq task3.fasta:CP000837 task5.fasta -table 11 -frame 6 -auto
   Выход: task5.fasta

Сравнение геномов

Построим карту локального сходства геномов двух бактерий семейства Enterobacteriaceae: Klebsiella oxytoca и Citrobacter amalonaticus (RefSeq ID NZ_CP011636.1 и NZ_CP014070.1 соответственно). Внутри выравниваний высокого качества (предположительно, соответствующих гомологичным участкам геномов) совпадают 83% нуклеотидов — достаточно высокий показатель.

Перецентрируем карту: отперация соответствует другому выбору начальных точек на кольцевых хромосомах.

Исходная карта (отмечено новое начало координат)	Новая карта

Получить точные координаты для участков, затронутых эволюционными событиями, не представляется возможным, поскольку построено 7582 выравнивания, при этом общее покрытие лучших из них невысоко (см. диаграмму ниже); участки будут отмечены на карте сходства.

Здесь видно, что для красного участка произошла инверсия. Опишем одну из возможных последовательностей эволюционных событий для зеленого участка:

• инверсия зеленого участка
• инверсия синего участка
• инсерция в K. oxytoca голубых участков (или соответствующая делеция в C. amalonaticus)