Занятие 3. Укоренение и бутстрэп
Укоренение в среднюю точку
 |
 |
| Выдача программы JalView | Дерево, укорененное программой PHYLIP |
Использование внешней группы
Деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") невозможно укоренить в среднюю точку. Однако можно воспользоваться укоренением с помощью внешней группы. Реконструируйте методом максимальной экономии укоренённое дерево отобранных вами бактерий, используя в качестве внешней группы белок того же семейства из кишечной палочки (Escherichia coli, мнемоника ECOLI в Uniprot).
- Выравнивание с отредактированными именами
- Дерево в формате pdf
- Дерево в формате mts
Бутстрэп
Проведите бутстрэп-анализ филогении своих белков, используя один из методов, доступных из программы MEGA. Для этого в окошке, которое открывается после вызова программы, в меню "Test of Phylogeny" выберите "Bootstrap method". Укажите число реплик, равное 100.
Деревья "Original tree" и "Bootstrap consensus tree", не отличаются.