Занятие 4. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Необходимые последовательности рибосомальной РНК были получены из базы полных геномов NCBI. Они были скопированы из файлов с расширением .frn в папках соответствующих организмов в один файл. Были выбраны последовательности следующих штаммов:

• Clostridium_botulinum_A_Hall_uid58931
• Lactobacillus_acidophilus_La_14_uid201479
• Streptococcus_pyogenes_HSC5_uid212978
• Streptococcus_pneumoniae_A026_uid226114
• Enterococcus_faecalis_Symbioflor_1_uid183342
• Bacillus_subtilis_BAB_1_uid195461
• Geobacillus_kaustophilus_HTA426_uid58227
• Listeria_monocytogenes_serotype_1_2b_SLCC2755_uid52455

Рис. 1. Филогенетическое дерево, реконструированное по последовательностям 16S рибосомальной РНК

Рис. 2. Эталонное филогенетическое дерево изучаемых организмов

Рис. 3. Филогенетическое дерево, реконструированние по последовательностям рибосомного белка S2 укорененное с использованием внешней группы

Дерево, полученное по последовательностям белков, совпадает с правильным за исключением укоренения. Полученное по последовательностям РНК дерево отличается от них наличием ветви, отделяющей LACAC и CLOBA от остальных организмов.